（二）总机构就地预缴税款由总机构办理就地缴库。总机构所在地税务机关开具税收缴款书，预算科目栏按企业所有制性质对应填写1010445项“跨市县总机构预缴所得税”下的有关目级科目名称及代码，“级次”栏填写“中央60’％、自治区lO％、地方分享30％”。
五、汇总清算
各分支机构不进行企业所得税汇算清缴，统一由总机构按照相关规定进行。总机构所在地税务机关根据汇总计算的企业年度全部应纳税额，扣除总机构和各境内分支机构已预缴的税款，多退少补。
（一）汇算清缴补缴的税敖由总机构全额就地缴入总机构所在地国库，不实行与分支机构所在地分享。总机构所在地税务机关开具税收缴款书，预算科目按企业所有制性质对应填写1010446项“跨市县总机构汇算清缴所得税”下的有关目级科目名称及代码，“级次”栏填写“中央60％，自治区l0％，地方30％”。
（二）多缴的税款由总机构所在地税务机关开具收入退还书并按规定办理退库。收入退还书预算科目按企业所有制性质对应填写1010446项“跨市县总机构汇算清缴所得税”下的有关目级科目名称及代码，“级次”栏填写“中央60％，自治区1O％，地方30％”。
六、其他
（一）跨市总分机构企业缴纳的所得税查补税款、滞纳金、罚款收入，不实行跨地区分享，按中央60 %、自治区10％、地方30％的分成比例就地缴库。需要退还的所得税税款滞纳金和罚款收入仍按现行管理办法办理审批退库手续。
（二）各市分库在12月31日向自治区总金库报解最后一份所得税预算收入日报表后，整理期内再收纳的跨市总分机构企业缴纳的所得税，统一作为新年度的缴库收入处理。
（三）税务机关与国库部门在办理总机构缴纳的所得税对账时，需要将1010445：项“跨市县总机构预缴所得税”下设的目级科目按级次核对一致。（四）本办法实施后，一缴纳和退还2007年及以前年度的企业所得税，仍按原办法执行。
（四）本办法实施后，缴纳和退还2007年及以前年度的企业所得税，仍按原办法执行。
（五）区内跨市县水电项目企业所得税按区内跨市总分机构分配比例确定后，其就地预缴的企业所得税在相关淹没市县分享比例按原裁定的增值税分配比例执行。
（六）各市区域内跨县（市、区）经营企业缴纳的企业所得税收入，可参照本办法制定市以下分配与预算管理办法。
