主要职责：承办全州水土保持工作，协调水土流失综合治理；拟订水土保持工程措施规划并组织实施；组织全州水土保持重点治理区的工作；组织水土流失的监测；对有关法律、法规的执行情况依法实施监督；组织实施自治州水土保持“两费”征收及监督使用。
㈦ 博尔塔拉蒙古自治州农村饮水安全工程规划和建设领导小组办公室。相当于科级，全额拨款事业单位，隶属于自治州水利局管理，列全额事业编制3名，其中：科级领导职数1名。
主要职责：负责组织指导全州农田水利基本建设、乡镇供水、人畜饮水和节水灌溉等工作；组织拟订大型灌区及灌排骨干工程发展规划和更新计划；指导全州农村水利社会化服务体系建设。
㈧ 博尔塔拉蒙古自治州博河流域管理处。相当于正县级，自收自支事业单位，隶属于自治州水利局管理。内设办公室、人事科、计划财务经营科、水政水资源管理办公室、灌溉工程科、调度室、审计室、勘测设计室8个科（室）；哈日布呼水管站、新布哈干渠管理站、三干渠管理站、博格达尔水管站、五一水库管理站、鄂托克赛尔水库管理站等6个水利管理站。列自收自支事业编制267名，其中：县级领导职数4名，内设机构科级领导职数28名。（机构编制方案另行文）
㈨ 博尔塔拉蒙古自治州水利水电勘测设计院。其机构编制事宜仍按“博州政办发〔2010〕93号”文件执行。
㈩ 博尔塔拉蒙古自治州阿拉山口供水工程管理处。其机构编制事宜仍按“博州政办发〔2009〕85号”文件执行。
（十一） 博尔塔拉蒙古自治州水产处（博州渔政管理总站、博州水产技术推广站）。相当于科级，全额拨款事业单位，隶属于自治州水利局管理。列全额事业编制14名，其中：科级领导职数3名。
主要职责：承担全州水产业务管理、渔业行政执法、水生野生动植物保护、水产苗种管理、水产技术推广和水产品检疫等职能。
（十二） 博尔塔拉蒙古自治州水利灌溉试验站。相当于科级，自收自支事业单位，隶属于自治州水利局管理。列自收自支事业编制10名，其中：领导职数2名。
主要职责：承担全州节水灌溉试验和节水灌溉技术示范推广、土地经营等工作。
六、其他事项
㈠ 河道采砂管理的职责分工。自治州水利局对河道采砂影响防洪安全、河势稳定、堤防安全负责，自治州国土资源局对保障河道内砂石资源合理开发利用负责。由自治州水利局牵头，会同自治州国土资源局等部门，负责河道采砂监督管理工作，统一编制河道规划和计划。
