㈢ 负责水资源保护工作；组织编制自治州水资源保护规划；拟订重要河流湖泊的水功能区划并监督实施；指导入河排污口设置工作，核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议；指导饮用水水源保护工作；指导地下水开发利用和城市规划区地下水资源管理保护工作；指导水生态保护与修复工作。
㈣ 负责防治水旱灾害，承担自治州防汛抗旱总指挥部的具体工作；组织、协调、监督、指挥自治州防汛抗旱工作，对重要河流、湖泊及水工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度；指导水利突发公共事件的应急管理工作。
㈤ 负责节约用水工作；拟定节约用水政策，编制节约用水规划；制订有关标准定额，组织、指导和监督节约用水工作，组织指导节水型社会建设工作。
㈥ 指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护，指导河流、湖泊、水库、河口、滩涂的治理和开发；负责河道范围内工程项目建设的管理，组织实施河道采砂许可制度。
㈦ 指导水利工程建设与运行管理；组织跨区域重要水利工程的建设与运行管理；组织实施水利工程建设的监督和稽察；指导水利建设市场的监督管理。
㈧ 负责防治水土流失，拟订自治州水土保持规划并监督实施，组织水土流失的综合防治、监测预报并定期公告；负责开发建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作，组织水土保持设施补偿费和水土流失防治费的征收及监督使用，指导重点水土保持建设项目的实施。
㈨ 指导农村水利工作，组织协调农田水利基本建设、农村饮水安全、节水灌溉等工程建设与管理工作；组织指导牧区水利工作，指导农村水利社会化服务体系建设；指导农村电气化和小水电代燃料工作。
㈩ 负责重大涉水违法事件的查处，协调、仲裁自治州境内重大水事纠纷；组织指导水政监察和水行政执法；监督指导水利行业安全生产工作，指导水利工程的安全监管。
（十一） 开展水利科技、教育工作，组织重大水利、水电、水产技术推广；组织开展自治州水利行业质量监督工作；指导水利信息化工作。
（十二） 负责自治州渔业水产工作。
（十三） 承担自治州人民政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据以上职责，自治州水利局设4个职能科（室）。
㈠ 办公室。
组织协调机关的日常工作，组织起草综合性文稿，负责会议组织、文电处理、政务信息、政务公开、依法行政、提案议案、财务、档案、保密、信访、老干等工作；负责机关精神文明、计划生育、综合治理等工作；负责水利系统职工培训、继续教育工作；承担自治州水利局安全生产领导小组办公室的日常工作；组织实施水利工程安全监督；指导水利水电工程设施、防洪设施、水库大坝及重点水利工程的安全监管和保卫工作；组织参与重大水利安全事故的调查处理；指导水利重大安全事故的应急处理。
