1、农牧民合作医疗资金筹集实行农牧民个人缴纳，区、州、县三级政府补助，以增强抗风险能力。2、农牧民合作医疗资金每年筹集一次，筹资从每年的8月1日开始至10月31日截止，由乡镇合管办负责，以户为单位，使用财政统一票据向农牧户收取。12月1日前划入合作医疗基金财政专户，乡镇合作医疗专用过渡户帐面余额为零。合作医疗基金实行财政专户集中支付制度。3、乡镇中的特殊优抚对象、五保户、残疾困难户及其他特困家庭成员个人交纳的全部或部分资金由民政部门和残联负责解决4、各级政府为参加合作医疗的农牧民每人补助的金额是中央财政补助20元；自治区财政补助20元；州、县财政补助10元；农牧民个人人均年缴费20元；人均共计70元。。
第17条 新型合作医疗基金分为家庭医疗帐户基金、住院补偿基金、合作医疗风险储备基金。1、家庭医疗帐户基金的构成是：提取统筹医疗基金28.57%的资金，构成合作医疗家庭帐户。合作医疗家庭帐户资金为农牧民群众个人所有，可以继承和结转。2、住院医疗补偿基金的构成是：提取统筹医疗基金68.43%的资金，主要用于按比例补偿参加合作医疗的农牧民住院发生的费用。3、合作医疗风险储备金的构成是：提取统筹医疗基金3%的资金，主要用于抗不可预测风险和救助大病补偿后仍有可能造成贫困的家庭。合作医疗风险储备金帐户中的基金和利息可每年积累，滚动发展。
第18条 家庭帐户基金、住院医疗帐户基金和合作医疗风险储备金分别核算、分开管理，不得相互挤占。
第19条 住院医疗补偿基金用于支付农牧民住院医疗费用。设置补偿起付线和年度最高封顶线标准。1、起付线标准：在乡（镇）定点医疗机构住院为100元，在自治县范围内县级定点医疗机构住院为300元，在县外或县级以上定点医疗机构住院为700元。2、年度最高封顶线：累计补偿住院医疗费（扣除不予补偿的部分后）总额为10000元。3、补偿住院医疗费时，扣除相应起付线后，再补偿。起付线标准以下的住院费用，由参加合作医疗的农牧民个人支付，起付线标准以上的住院费从住院统筹基金中按比例计算后补偿。一年内多次住院的只交纳一次起付线，转往县及县外定点医疗机构住院的，若已住过院并交纳了起付线金额的，再计算起付线时只计算相应的差额部分。
第20条 木垒哈萨克自治县新型农村合作医疗基金运行管理模式见图
第五章 经费管理与监督
第21条 乡（镇）合管办负责将农户参加合作医疗个人缴款资金足额收齐，县财政负责上级补助资金和本级财政为参加合作医疗补助资金的足额到位，一并缴存县合作医疗专用帐户。合作医疗资金任何单位和个人不能截留和挪用。
