第二十八条 除招标、拍卖、挂牌和协议方式出让国有土地使用权所取得的土地出让收入外的其他区得土地出让收入由新区安排使用。
第二十九条 新区留存部分主要用于提取农业土地开发资金（《
用于农业土地开发的土地出让金收入管理办法》，财综〔2004〕49号），廉租住房保障资金（《
廉租住房保障资金管理办法》，财综〔2007〕64号），国有土地收益基金（《
国有土地使用权出让收支管理办法》财综[2006]68号），出让土地需支付的土地出让业务费等，并按本办法第十三条规定代扣代缴新增建设用地土地有偿使用费。计取的农业土地开发资金、国有土地收益基金和廉租住房保障资金按上海市规定的比例和标准执行。
第三十条 由土地储备中心、功能区域、镇政府安排使用部分，主要用于土地储备项目的征地动迁补偿、土地开发费用，支农支出，城市基础设施建设等。
第三十一条 由浦江办安排使用部分，主要用于黄浦江两岸开发区域（浦东部分）土地储备项目的征地动迁补偿费用和土地开发费用，公益性基础设施项目建设等。
第三十二条 土地储备中心、功能区域、镇政府、浦江办所取得的额度优先保证土地储备项目的征地拆迁和土地开发费用。各地块土地储备成本与所取得额度之间的差异由各前期开发责任主体自行平衡。
第七章 监督检查
第三十三条 新区财政局、审计局对土地出让收支情况进行定期和不定期相结合的监督检查，确保土地出让收入及时足额上缴国库，支出严格按照财政预算管理规定执行。
第三十四条 对国有土地使用权人不按土地出让合同、划拨用地批准文件等规定及时足额缴纳土地出让收入的，应当按日加收违约金额1‰的违约金。违约金随同土地出让收入一并缴入地方国库。
第三十五条 对发现挪作他用、违规使用土地出让资金的新区财政有权扣留相关部门的土地出让收入额度。
