专项资金由市财政局和中关村各分园区所在区（县）财政部门负责管理，中关村管委会和各分园区管委会具体安排使用。
第二章 专项资金的使用
第四条 专项资金重点用于园区创新环境建设、支持中小企业创新创业孵化、培育高成长企业、做强做大企业、人才特区建设以及市政府确定重点扶持方向的其它支出。
（一）中小企业创新创业孵化支持资金主要用于支持创新型中小企业创新创业孵化；推进大学科技园、孵化器和留学人员创业园建设；鼓励创业投资企业投资中小企业等。
（二）高成长企业支持资金主要用于加大对中关村高成长科技企业贷款促进及信用保险支持，拓展和构建高效、低成本的融资渠道；设立贷款及担保风险补偿机制，鼓励金融机构为示范区高成长企业提供服务；大力推进知识产权战略和技术标准战略，支持企业、高等院校、科研院所创造国际领先的自主知识产权和标准。
（三）做强做大企业支持资金主要用于积极推动重大科技成果转化和产业化；深入推进“十百千”工程，在重点产业领域形成一批具有国际竞争力的领军企业；集成各方面资源形成合力，支持政府采购中关村自主创新产品；深化科技金融改革试点，扩大中关村股份代办转让试点和企业改制上市。
（四）创新环境建设支持资金主要用于加快人才特区建设，吸引和凝聚高端创新创业人才；加快推进中关村开放实验室工程，促进产业技术联盟等新型产业组织发展；加强中关村品牌推广和创新文化建设，营造良好的示范区文化氛围和舆论环境；加强示范区建设和发展过程中的问题和对策研究；积极推进创新集群及国家产业化基地建设，以全面改善示范区创新环境，提升创新能力。
（五）人才特区建设支持资金主要用于加快人才特区建设，吸引和聚集高端创新创业人才；推进示范区人才公租房建设；支持高端人才创业大厦建设；支持留学人员创办企业、留学人员创业服务机构建设；构建并完善全方位、多层次的人才培训体系，优化人才特区创新创业人才队伍结构等。
第三章 专项资金的管理
第五条 专项资金纳入财政预算管理。市财政拨付中关村管委会的专项资金，由中关村管委会根据市级部门预算的编制要求管理使用。各分园区预算经所在区（县）财政部门审批，同时抄送中关村管委会。
