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（二）药品补偿范围。按照《云南省新型农村合作医疗基本用药目录（2008年修订版）》、《国家基本药物目录（基层医疗卫生机构配备使用部分）（2009版）》、《国家基本药物云南省补充药品目录》执行。其中，“基本药物目录”范围内的药品报销比例高于非基本药物10%。在目录范围内只报销同名的国产药品。
省州级定点医疗机构参照执行《云南省新型农村合作医疗基本用药目录（修订版）》（县级）和《国家基本用药目录》。中草药参照城镇职工基本医疗保险用药目录执行。
（三）诊疗项目报销范围。按《云南省新型农村合作医疗基本诊疗项目目录（试行）》（云卫发〔2008〕1159号）执行。
基本诊疗目录备注中带星号（☆）的诊疗项目，全部纳入报销范围，且所有诊疗目录中须使用的相应耗材和药品，全部纳入报销范围。其中， CT检查、彩超、核磁共振、DR、伽马刀、超声碎石、高压氧仓治疗，每次住院限两次以下报销（省州即时结报患者按上级规定执行）。备注中“限治疗性”的项目的报销要作必要性审批。
（四）关于耗材报销。凡是诊疗和手术中物价规定不得单列的收费项目（特别是一次性耗材）不得纳入报销。物价规定可以单列收费的耗材，二百元以下的耗材无论国产和进口的都可报销，二百元以上的耗材只能报销国产的。使用进口材料的需向患者解释清楚自付费用，并征得同意签字后方能使用。
（五）对于参加了新型农村合作医疗，同时又购买了商业医疗保险的农民群众，商业医疗保险报销与新型农村合作医疗减免报销按两条线运行，互不交叉。
（六）医药费用不予补偿的范围
1. 未参合者、在非定点诊所就诊、在境外就医、未按规定办理省级转诊手续、未能提供发票原件、自行在县外医院就诊及自请医生会诊、手术发生的医药费用。
2.责任意外伤害（工伤、交通事故、打架斗殴、酒后致伤、自杀自残、医疗事故等有第三者或其他赔付责任的医疗费用）、急性酒精中毒、有其他责任人的食物中毒、吸毒、戒毒、机动车（包括电瓶车、助力摩托车）自伤产生的医药费用，违法、犯罪所致伤害及被拘留、逮捕和服刑期间发生的医疗费用。
3.自购药物、非疾病治疗项目费用、一切与疾病治疗无关的生活服务项目和服务设施费用。器官移植或组织移植所需的人体组织源、器官源费用及康复理疗项目。基本用药目录内同名进口药品和基本用药目录以外的药物费用。
4.健康体检、疾病筛查、普查、预防接种、婚检、计划生育手术、计划外生育分娩、流产、违反计划生育规定所发生的医疗费用。
5. 非基本医疗性费用：各类非治疗性的美容、整形、染发、狐臭根治，安装假肢、假牙、假眼、假发，功能恢复性治疗（义齿、义眼、视力矫正、气功疗法、保健性的营养疗法、磁疗等）验光配镜、助听器、助行器、拐杖、轮椅等；各种减肥、增胖、增高等项目的一切费用；各种自用的保健、按摩、理疗、磁疗、按摩、检查和治疗器械的费用；各种医疗咨询、医疗鉴定产生的费用。除小儿麻痹、先天性唇腭裂、先天性髋关节脱位、先天性心脏病以外的缺陷，未经批准的矫形、正畸产生的费用。
6.各种性病、性功能障碍、变性手术等病症的医疗费用，到专科医院治疗性病、皮肤病、不育症、不孕症等产生的费用。
7. 非医疗性费用：如就诊车旅费、保险费、体检费、陪护费、院外会诊费、陪客水电费、陪客床椅费、空调费、出诊费、交通费、急救车费、出生证费、营养费和本人要求享受的特殊病房、特殊护理费。
8. 除省、州即时结报患者住院治疗病人两次以上的CT检查、彩超、核磁共振、DR、伽马刀、超声碎石、高压氧仓治疗费用。
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