㈠大病住院统筹基金占80%，其中提取1%对当年住院累计补偿超过封顶线的大病患者给予再次补偿。当提取的风险储备基金达到当年筹资额的10%后，则住院医疗基金分配调整为82%。大病住院统筹基金用于参加新型农村合作医疗病人住院医疗费用的补偿。
㈡门诊医疗基金占18%，用于参加新型农村合作医疗人员门诊医疗费用的补偿和年度内未获得合作医疗补偿的参合人员的健康体检。
㈢风险储备基金占2%，主要用于新型农村合作医疗基金的财务透支和意外情况的应急处理，风险储备金累计达到10%后不再提取。
第二十四条 参加新型农村合作医疗的农民，门诊就诊按医药费用30%的比例给予补偿，但每次就诊最高补偿不得超过6元。
第二十五条 参加新型农村合作医疗的农民因病住院治疗，可获得住院期间包括药费、床位费、手术费、处置费、输血费、输氧费、材料费、常规检查费用和常规治疗费用的补偿。
住院医疗补偿设立起付线和封顶线。起付线标准为乡镇卫生院50元、县级医疗机构200元、县外医疗机构500元。封顶线标准为30000元，即新型农村合作医疗基金为每个人在1年内累计支付住院医疗费总额不超过30000元。参加新型农村合作医疗的农民住院的医疗费用在起付线和起付线以下时由个人负担，超过起付线后的医疗费用从新型农村合作医疗住院医疗基金中按比例补偿。参合农民一年内在县内两次及以上住院的，只计第一次起付线，转县外住院的，只计县外一次起付线。农村五保户、低保户、残疾人、特困优抚对象因病住院免除住院起付线。
㈠在乡镇定点医疗机构诊治的住院费用补偿比例为：住院费用50元以上部分，按70%报销。
㈡在县级定点医疗机构诊治的住院费用补偿比例为：住院费用200元以上部分，按55%报销。
㈢在县以上定点医疗机构诊治的住院费用补偿比例为：住院费用500元以上部分，按40%报销。
参加新型农村合作医疗的孕产妇住院分娩每人补助200元，发生住院分娩严重并发症者纳入住院病人补助范围；参加新型农村合作医疗的住院患者使用中草药和采取中医治疗（理疗除外）的，提高5%的补偿比。
第二十六条 患有晚期癌症、高血压Ⅲ期、中风后遗症、冠心病、重症糖尿病、慢性肾功能衰竭、器官移植抗排、肝硬化腹水、肺结核、白血病、肺心病、系统性红斑狼疮、甲状腺功能亢进（减退）、精神分裂症等慢性病门诊患者，在办理有关享受补偿政策的审批手续后，其门诊费用每年年终汇总后按50%比例给予补偿，但每人每年累计报销不得超过1000元。
