地区动物防疫冷链项目和巴里坤县、伊吾县的动物边境疫情监测站项目于2004年7月通过自治区验收并已全面启动。目前，地区动物疫病诊断中心和两县一市动物疫情测报站都已按照国家农业部的要求开展了14种动物疫病的监测和流行病学调查工作，为今后动物疫病的防治提供了科学依据。
（二）动物防疫体系面临的问题
1. 动物防疫机构面临的问题
一是个别县（市）和部门对动物防疫工作的重要性、复杂性和艰巨性认识不足，不同程度地存在着重生产轻防疫、重免疫轻检疫等问题。业务部门重检疫轻监督，特别是流通环节监管不力，产地检疫不到位。动物防疫工作处于救火应急式被动局面，完全依赖政府推动，缺乏工作长效机制。
二是体制不顺。县（市）基层乡（镇）兽医站“三权归县”政策虽然落实，但归口不统一。兵地之间由于管辖区域相互交叉，而防疫工作又自成体系，加大了动物防疫工作的统一协调和管理难度。工矿企业、改制后的国营农林牧场等地域的动物防疫管理归属不清，形成防疫“死角”。
三是动物防疫机构的组织构架上重下轻，人员主要分布于城镇及农区，牧区动物防疫人员严重匮乏。基层防疫队伍人员少、知识老化，工作量大，专业兽医人员流失严重，难以适应新时期动物防疫工作正常开展的需要。牲畜数量的逐年增长与兽医数量严重不足的矛盾日益突出。
2. 基础设施面临的问题
一是大部分乡（镇）畜牧兽医工作站基础设施较为简陋，全地区还有7个乡（镇）站没有房屋，约有60％属于危房，缺乏基本的防疫器具、冷藏设施和交通工具，严重影响动物防疫工作的质量和效果。
二是动物疫病诊断和疫情测报能力较弱。地、县（市）动物疫病诊断室虽配置了仪器设备，但存在基础设施不足、设备不配套、运转经费不足等问题，影响了动物疫病的诊断和监测工作的正常开展。县（市）缺乏必要的检测设备，基本上不具备动物疫病诊断监测能力。
三是公路动物防疫监督检查站等监督设施简陋。公路动物防疫监督检查站缺乏固定检查场所，处于不稳定状态，没有动物隔离设施，对于进入地区的动物不能进行隔离检疫观察，存在动物疫病潜入的风险。无害化处理能力弱，且不够规范。
四是全地区尚没有建立起完善的动物防疫物资储备体系，缺乏疫苗、药品、器械、防护用品、消毒剂等必要的紧急防疫物资储备，应对突发动物疫情处置能力较弱。
五是动物防疫信息网络化设施不健全。地区疫情监控测报点少，疫情测报方式和技术落后，信息传递速度慢、时效性差。
六是畜产品安全检测设施设备不完善，缺乏对畜产品中残留药物快速准确检测和判定能力，实验室条件还需要进一步改善。
3. 基层动物防疫资金投入不足
基层防疫机构普遍缺乏开展防疫工作所需的业务费、办公费、交通费等费用。国家投资的项目没有安排到乡（镇）一级，地方投入不足，乡（镇）站本身无力更新设施设备。防疫费收取困难。
二、“十一五”期间地区动物防疫体系建设的指导思想、原则和目标
（一）指导思想
