专项清理工作分四个阶段进行：
第一阶段，调查摸底阶段（2011年7月1日-8月20日）：各县（区）人民政府组织交通运输、发展改革（价格）、财政等部门，按照工作职责和分工，全面清查和核实截止2011年4月30日仍在运行的普通收费公路项目的里程规模、站点设置、收费期限、收费标准等有关情况，于2011年7月20日前报市收费公路专项清理工作领导小组办公室。市收费公路专项清理工作领导小组汇总审核后报省交通运输厅审检、复核。
第二阶段，自查自纠阶段（2011年8月21日-12月20日）：市收费公路专项清理工作领导小组按照工作职责及任务分工，对现有收费公路、收费期限、收费标准、收费站（点）和收费行为逐一进行审核。10月10日前，对发现的各类违规及不合理收费行为、收费项目及收费站（点）提出整改方案，并将整改措施报省收费公路专项清理工作领导小组。12月20日前，完成整改任务。
第三阶段，检查复核阶段（2011年12月21日-2012年2月29日）：2012年1月10日前，组织市交通运输、发展和改革、财政、监察和纠风等部门，对全市收费公路自查自纠及整改措施落实情况进行督导和检查，迎接省上检查。2012年2月10日前，按照省检意见，完成相关整改任务，做好接受国家有关部（委、办）的督导检查和省际互查准备。
第四阶段，总结完善阶段（2012年3月1日-5月31日），2012年4月1日前，由市收费公路专项清理工作领导小组对我市专项清理工作进行总结，在进一步完善公路通行费标准形成机制，建立健全定期审计制度、收费公路统计制度和监测制度等，从根本上确保收费公路科学发展、规范管理。
五、工作要求
（一）统一思想，提高认识。开展收费公路专项清理，是加快发展现代服务业、促进物流业健康发展的需要，是规范收费公路管理、促进公路交通事业持续健康发展的保证。各县、区政府市级有关部门要充分认识专项清理工作的重要性和紧迫性，从服务经济社会发展大局，保障和改善民生，促进和谐社会建设的高度出发，高度重视，精心策划，密切配合，齐抓共管，高质量、高效率地组织好此次专项清理工作。
（二）加强领导，落实责任。成立市收费公路专项清理工作领导小组，市委常委、副市长黄正富任组长，市政府经济研究室唐文辉、市交通运输局王国培、市发改委田中文、市财政局唐小平任副组长，市监察局杨正平、市委宣传部余飞宇、市交通运输局张益民、市纠风办蒋红和各县（区）分管交通的副县（区）长为成员。领导小组下设办公室，办公室设在市交通运输局，张益民同志兼办公室主任，具体负责全市收费公路专项清理工作的组织、协调。具体职责分工：市交通运输部门负责对收费公路项目的批复、投资、有偿无偿资金的清理核实，对收费项目起止桩号、里程、收费位置、站距、收费时间进行核对；对收费公路项目边施工也收费情况进行调查；对通行费收支、还贷付息等情况进行分项目进行检查。市财政部门负责对车辆通行费使用票据、通行费收入缴存、还贷付息等情况进行核实。市发改委负责对收费标准、收费许可等进行摸底核实。市监察、纠风部门负责对收费项目的法律依据、收费批文、有无违规转让、有无捆绑收费、超期收费等情况进行核实。市委宣传部负责宣传报道工作。
