要依据基层医疗卫生机构承担的工作任务量和人员编制、实际聘用等情况，合理核定基层医疗卫生机构收入和支出，纳入县级国库集中收付管理，并按月预拨经费，保障正常运转。
核准收入。对医疗服务收入，根据前三年水平，并综合考虑物价、社会平均收入以及基本药物制度影响等相关因素科学核定；对公共卫生收入，则根据服务人口和标准核定。
核准支出。对人员工资，要参照当地事业单位人员工资平均水平核定；绩效工资，按国家相关规定执行；对业务经费按照基本医疗服务和基本公共卫生服务任务、质量和成本定额（扣除人力成本）等综合核定；对基建和设备购置、人员培训等支出，根据专项任务完成数量、质量等因素确定。
四、积极推进基层医疗卫生机构财政国库集中收付制度
2011年7月底前，基层医疗卫生机构除单位零余额账户外，现有银行账户原则上全部取消，其所有收支实行县级财政国库集中收付管理。
基层医疗卫生机构的医疗服务收入、药品收入和其他收入等，采取直接缴库或集中汇缴的方式，按规定及时缴入县级财政部门的“政府非税收入汇缴结算账户”并及时划缴到财政专户，基层医疗卫生机构通过新型农村合作医疗基金、城镇居民医疗保险基金、城镇职工基本医疗保险基金等取得的收入，可根据上年实际情况并剔除不合理因素后，采取“总额控制、分月预拨”的方式拨付，年度完结后按规定进行结算。公共卫生服务收入、经常性收支差额补助，可根据年度预算按总额的一定比例分月预拨，并根据考核结果进行结算。
对工资性支出、购买性支出等，实行财政直接支付方式；对零星支出、备用金等，由基层医疗卫生机构根据财政授权，通过单位零余额账户支付。基本建设、设备购置等财政专项补助支出，由县级财政部门根据年度预算、投资计划和工作进展等，根据核定的用款计划支付。其他支出由县级财政部门根据年度预算和核定的用款计划支付。
各县（市、区）要加快医改资金执行进度，确保按医改任务和序时进度均衡地拨付资金。
五、建立健全基层医疗卫生机构补偿机制的工作要求
（一）加强组织领导。各级各有关部门要把建立健全基层医疗卫生机构补偿机制作为实施基本药物制度和基层医疗卫生机构综合改革的关键环节抓紧落实，将政府补助资金纳入财政预算和基建支出计划足额安排，及时调整医疗服务收费项目和医疗保险支付政策，尽快建立起稳定、长效、合理的基层医疗卫生机构补偿机制。
（二）落实补偿责任。各县（市、区）要承担建立基层医疗卫生机构补偿机制、保障基层医疗卫生机构正常运行和医务人员合理待遇水平的主要责任，要在预算中足额安排并及时拨付应由本级财政负担的补助资金，认真落实调整后的医疗服务收费和医疗保险政策。市级财政要加大对基层医疗卫生机构的支持力度，将基层医药卫生体制综合改革政府补偿资金作为基本支出的测算因素之一统筹考虑。
