市州水行政主管部门在制定本区域内各县市区用水总量控制指标和年度用水计划时，可预留一定的用水指标。
第十三条 本省境内跨市州或省管重要河流的水量分配方案，由省水行政主管部门商有关市州政府拟订，报省政府批准。
经省政府批准的水量分配方案，是跨市州或省管河流水量调度的依据，有关市州政府必须执行。水量调度和监督工作由省水行政主管部门或省属流域机构负责。
第十四条 市州政府应当依据用水总量控制指标，确定当地地下水开采总量和年度开采控制指标，逐级分解落实到县市区。核定并公布地下水超采区，明确禁采和限采范围，加快地下水动态监测站网工程建设。
第十五条 在明晰初始水权的基础上，逐步建立政府调控和市场配置相结合的水权转让制度。在水行政主管部门的监督指导下，区域之间、行业之间、用水人之间可以进行水权交易，满足区域、行业和用水人的水资源需求。
第十六条 利用再生水、雨水、矿井排水、苦咸水等不受用水总量控制指标和年度用水计划限制。
第十七条 县级以上政府水行政主管部门应当严格落实建设项目水资源论证和取水许可制度。
新建、改建、扩建项目需要取水的，应当按照有关规定进行建设项目水资源论证。对未进行水资源论证或未经水行政主管部门前置审批（核）同意的，有管辖权的水行政主管部门不得批准取水许可申请，发展改革、工信等有关主管部门不予批准立项和建设。
需要取水的单位和个人应当按规定依法办理取水许可证，严禁未经许可擅自取水。
第十八条 严格实施水资源有偿使用制度，加强对水资源费的征缴和管理，任何单位和个人不得擅自免征、减征、缓征水资源费。
对地下水超采严重的地区，市州水行政主管部门可依据《
甘肃省取水许可和水资源费征收管理办法》（甘肃省人民政府令第67号），统筹供水工程、地下水超采区管理、超限额加价等规定，制定地下水水资源费征收标准，报本级政府批准实施。
水资源费应当足额征收并按规定上解。对应当征收而未征收、未足额征收或者未按规定上解的，由有关部门依法处理并由上级水行政主管部门相应核减该区域下一年度用水控制指标。
第十九条 取水许可实行区域限批制度。取水总量接近用水总量控制指标的地区，有管辖权的水行政主管部门应当对该区域内新建、改建、扩建项目取水许可申请限制审批。
