第二阶段，自查自纠阶段（2011年9月1日— 12月31日）。在调查摸底的基础上，按照相关政策法规和本实施方案的要求，交通运输、发展改革、经济和信息化、财政、价格等相关部门对现有收费公路、收费期限、收费标准、收费站（点）和收费行为进行逐一审核。对审核发现的各类违规及不合理收费行为、收费项目及收费站（点），提出具体整改措施，报经省政府研究同意后，严格抓好整改落实和监督检查。同时，降低我省高速公路最低收费标准，调整或撤并不符合《
收费公路管理条例》规定间距、城市周边及严重影响人民群众出行的普通路桥收费站，对经依法清理予以取消和保留的收费站（点）由省政府向社会公布，接受社会监督。
第三阶段，检查复核阶段（2012年1月31日— 2月29日）。交通运输部、国家发展改革委、财政部、监察部和国务院纠风办将对各地调查摸底、自查自纠以及整改措施落实等有关情况进行督导、检查和省际互查。对清理工作不到位或存在弄虚作假、敷衍塞责等行为的地区和单位，将予以通报批评，并责令限期整改；情节严重的，依法追究相关人员责任。省相关部门要全力配合国家部委的督导、检查工作，保障专项清理工作顺利有序进行。
第四阶段，总结完善阶段（2012年3月1日— 5月31日）。2012年3月20日前，省交通运输厅会同各相关部门，认真总结全省收费公路专项清理等工作情况，并就降低高速公路通行费最低收费标准、撤销或调整城市周边及影响人民群众出行的普通路桥收费站、收费公路筹融资、建立完善普通公路投融资体制机制等问题，形成统一意见，报经省政府研究同意后，于2012年4月10日前报送交通运输部、国家发展改革委、财政部、监察部和国务院纠风办。
根据国家收费公路政策规定，结合我省实际，省交通运输厅会同有关部门研究提出规范收费公路发展的长效措施，建立完善收费公路相关法规制度，理顺监督管理体制，优化筹融资机制，逐步加大财政投入，降低收费标准，广泛深入地开展“保畅通、保安全、树品牌、树形象”活动，不断强化服务质量监管，逐步建立起以非收费公路为主体、以收费公路为补充的良性发展的公路体系，进一步提高我省公路交通服务水平和服务能力，为人民群众提供安全便捷出行条件，促进全省经济社会又好又快发展。
五、工作要求
