（一）对普查准备阶段核查
1、核查样本区普查机构设立，部门分工和运行协作机制的情况，普查档案资料的收集和归类；
2、核查样本区普查员和普查指导员培训名单和实际选聘的普查员和普查指导员名单；
3、核查样本区清查名录，计算“漏查率”，对重复的普查对象计算“重复率”，对基本信息填写错误的普查对象计算“错误率”，填写《质量核查报告单》。
4、核查各类《单位清查一览表》，并与确定的《农业污染源普查对象名录》表相比较，核查普查对象的确定是否符合有关技术规定。
（二）普查表填报阶段核查
抽取样本区的各类普查对象原始普查表格，对普查表指标数据进行核对，核查数据质量，重点核查必填指标和各个指标间的逻辑关系，分别计算“漏报率”、“指标漏填率”和“指标填报差错率”。
（三）数据处理阶段核查
抽取样本区的各类普查对象的电子版录入信息，与原始普查表的各项指标进行比对，核查普查对象原始普查指标数据录入质量，检查数据的错录、漏录情况，分别计算“指标录入差错率”和“指标漏录率”。
四、重点核查指标：
（一）种植业：耕地面积、园地面积、坡地种植方向与面积、肥料施用量及养分含量、农药施用量及有效成分含量、秸秆产量及去向、地膜用量等；
（二）畜禽养殖业：各阶段存栏量、清粪方式、污水日产生量、污水处理利用量、粪便处理利用量、污水及粪便的排放去向等；
（三）水产业：养殖模式、养殖面积、换水/水体交换情况、饲料/渔药/肥料投入量等
五、核查样本区需准备的相关材料
（一）普查机构设立、运行等系列文件
（二）普查员和普查指导员培训名录
（三）普查员和普查指导员实际选聘名录
（四）单位清查一览表
（五）农业污染源普查对象名录
（六）抽取的各类普查对象原始普查表
（七）与抽取普查对象原始表相对应的电子版录入信息
（八）普查资料档案的收集和归类管理
各阶段核查完成后，核查组应如实填写该阶段《质量核查报告单》，并出具相应的该阶段核查报告，并纳入污染源普查档案管理，若核查中确认该段工作质量不符合国家质量标准，抽样区（市）县该阶段普查工作需补充、修订或重新组织进行。
