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各区成立相应的指挥机构，由区人民政府主要领导或分管领导任指挥，区各有关部门、当地驻军为成员单位，负责做好本行政区域的防洪、防台风、防潮工作。
（二）组织机构职责
1、市防汛抗旱指挥部的职责
（1）统一指挥全市防洪、防台风、防潮工作，宣布全市进入、解除紧急防汛期，启动、终止厦门市防洪防台风应急预案。
（2）在市人民政府和上级防汛抗旱指挥部的领导下，贯彻执行相关决定、指令。
（3）组织召开各区防汛抗旱指挥部、各成员单位参加的防洪、防台风工作会议，分析预测汛情、台风发展趋势，安排部署防洪防台风、防潮、救灾工作，制定各项防洪、防台风、防潮、救灾应急措施。
（4）下达抗洪抢险、中型水库泄洪等调度命令，组织各区防汛抗旱指挥部、各有关部门实施防洪、防台风应急预案并对实施情况进行检查、监督，动员全社会参与防洪防台风抢险救灾。
2、市防汛抗旱指挥部办公室的职责
（1）及时掌握汛情、工情、险情、灾情和灾情统计汇总，对外发布灾情报告。
（2）提出防洪防台风参谋意见，为市防汛抗旱指挥部提供决策依据，及时下达市防汛抗旱指挥部的调度命令，完成市防汛抗旱指挥部下达的各项任务，督促检查各项防洪、防台、救灾措施的落实。
（3）负责市级防汛抢险物资、器材的组织储备、调运，协调有关部门做好抢险物资、器材的储备、管理。
（4）负责全市防汛抗旱的日常管理工作。
3、市防汛抗旱指挥部成员单位的职责
（1）市委宣传部：正确把握全市防汛抗旱宣传的导向，及时指导、协调新闻单位做好防汛抗旱新闻宣传工作。
（2）市发展和改革委员会：指导防汛抗旱规划和建设工作。负责重点防汛抗旱工程、主要流域治理项目建设、计划的协调安排。
（3）市水利局：负责组织、协调、监督、指导防汛抗旱的日常工作。归口管理全市防汛抗旱工程。负责组织、指导全市防汛抗旱工程的建设与管理。负责防汛抗旱工程安全的监督管理。负责搞好洪水和水资源的调度工作，提出抗洪、抢险、抗旱方案（应急措施）。做好在建水利工程的安全度汛工作。
（4）市公安局：负责维护抗灾期间的社会治安秩序，及时疏导交通，保证防汛车辆优先通行。根据汛情需要，按照指挥部指令，负责实施交通管制。依法打击盗窃防汛抗旱物质和破坏、盗窃防汛抗旱设施的违法犯罪活动，妥善处置因防汛抗旱引发的群体性治安事件。协助当地政府转移危险地带的群众和海上渔排、渔船人员。
（5）市民政局：负责组织、协调各区开展查灾、报灾和救灾工作，及时将掌握的灾情信息和救灾情况上报指挥部。组织开展、接收救灾捐赠款物等工作，管理、分配本级和上级救助受灾群众的款物，妥善安排好灾民生活。
（6）市财政局：组织实施全市防汛抗旱和抢险救灾经费预算，及时下拨并监督使用。与指挥部共同向上级争取防汛抗旱和抢险救灾经费，并及时下拨和监督使用。
（7）市国土房产局：负责对山体滑坡、崩塌、泥石流等地质灾害的勘察、监测、防治等工作。负责制定全市地质灾害防灾预案和房屋防洪防台风抢险救灾预案，并组织实施。负责危房防洪防台风和抢险救灾工作，及时组织转移危房住户。
（8）市建设与管理局：负责本岛城市防洪防台风指挥协调领导小组的日常工作。负责制定本岛城市防洪防台风预案，并组织实施。组织、指导全市建筑设施的防洪防台风工作，做好建筑工地的防洪防台风工作。防台风期间，做好城市违章搭盖、沿街广告招牌等整治工作。抗旱期间，组织、协调做好城市节约用水工作。
（9）市监察局：监督、指导防汛抗旱责任制的落实。负责对执行防汛抗旱责任制和抢险救灾调度指令情况进行督查，对因领导不力、工作疏忽或处置失当而造成严重后果的，要按照有关规定，追究责任，严肃处理。
（10）市交通委：负责组织、指导做好全市公路（桥梁）的防洪、防台风工作，根据汛情需要，按照指挥部指令，负责实施海上交通管制和协调关闭厦门、海沧等大桥。协调、指导口岸、港务部门做好港区防洪、防台风工作。做好公路（桥梁）在建工程安全度汛工作，及时抢修公路（桥梁）水毁工程，保障交通干线畅通。组织运力，做好转移危险地带群众和防汛抗旱物资的运输工作。
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