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市公安局：负责维护抗灾期间的社会治安秩序，及时疏导交通，保证防汛车辆优先通行；根据汛情需要，按照指挥部指令，负责实施交通管制；依法打击盗窃防汛防台风物资和破坏、盗窃防洪防台风设施的违法犯罪活动，妥善处置因防汛防台风引发的群体性治安事件；协助当地政府转移危险地带的群众和海上渔排、渔船人员。
市监察局：监督防洪防台风责任制的落实。对执行防洪防台风责任制和抢险救灾调度指令情况进行督查，对有关领导和责任人不到位、工作失职渎职并造成严重后果的，按照有关规定追究责任。
厦门海警三支队：负责组建海上抢险队伍；根据指挥部的要求，组织实施海上抢险救灾；防台风期间，协助当地政府转移海上渔排、渔船人员。
市消防支队：根据指挥部的要求，组织应急队伍参加抢险救灾行动，协助地方政府转移、解救危险地带的群众。
市民政局：负责组织、协调各区开展查灾、报灾和救灾工作，及时将掌握的灾情信息和救灾情况上报市指挥部；组织开展救灾款物的捐赠、接收、管理和分配工作，妥善安排好灾民生活。
市财政局：组织实施全市防洪防台风和抢险救灾经费预算，及时下拨并监督使用；会同市指挥部向上级争取防洪防台风和抢险救灾经费，并及时下拨和监督使用。
市国土房产局：负责组织、指导和监督地质灾害防御工作；负责制定全市地质灾害防灾预案，并组织实施；负责危房防洪防台风和抢险救灾工作，及时督促各区组织转移危房住户；及时将地质灾害灾情报市指挥部。
市交通委：负责组织、指导做好全市公路（桥隧）的防汛防台风工作。根据汛情需要，按照指挥部指令，负责协调BRT停运及关闭厦门、海沧、集美、杏林、五缘、演武、同安湾、丙州、中州、大嶝等大桥和疏港路等高架桥；做好公路（桥隧）在建工程安全度汛工作，及时抢修公路（桥隧）水毁工程，保障交通干线畅通；组织运力，做好转移危险地带群众和防洪防台风物资的运输工作。
市农业局（林业局）：负责组织、指导全市农牧业、林业的防洪防台风和灾后生产恢复工作，及时收集灾情信息并上报市指挥部；做好灾后恢复农业生产工作，灾区动、植物疫病防治工作。
市贸发局：负责组织、指导商贸企业做好防洪防台风工作；负责组织抢险救灾所需日用生活必需品的供给。
市卫生局：负责组建医疗救护和疾病预防控制专业队伍；做好抗灾期间的医疗救护和疾病预防控制工作；做好灾后防病、治病及防疫消毒工作。
市广电局：负责监督、指导厦门广电集团做好防洪防台风宣传工作，做好所辖广电设施的防洪防台风安全工作。
市工商局：负责做好户外广告牌的整治工作，在台风、暴雨到来之前，及时组织、监督户外广告牌业主做好加固、拆除等各项防范工作。
市旅游局：负责组织、指挥全市相关旅游企事业单位做好防洪防台风工作，及时组织、监督各旅行社、星级饭店、A级旅游景区（点）做好安全防范等工作；根据市指挥部指令及时将关闭景区（点）等信息传达给相关旅游企事业，确保游客人身安全。
市外资局：负责组织、指导外资企业做好防洪防台风工作。
厦门港口局：负责组织、协调、指导全市港口各码头公司、客运站和港口工程做好防洪防台风工作；组织、协调做好在建港口工程、在港船舶疏散避风和港区道路、机械设备、货物、集装箱等安全度汛工作。
市安监局：负责监督、指导汛期安全生产工作，特别是非煤矿山、危险化学品生产企业（包括仓库）的安全度汛工作；监督、指导相关部门加强对电力、码头、机场、道路、桥梁、市政、大型建设项目等重要工程设施安全度汛工作的检查；落实各项防范措施和应急救援措施；防止因自然灾害引起生产安全事故的发生。
鼓浪屿管委会：负责组织、指挥所辖单位做好防洪防台风工作，特别是在台风期间，及时组织、指导轮渡公司做好船只避风和乘客安全防范工作；按照指挥部要求，负责实施厦鼓航线停航和恢复航线的指令。
市气象局：负责天气气候预测预报工作，及时向社会公众发布气象预报和台风、暴雨等灾害性天气警报，并根据天气变化情况及时补充或订正；及时对降雨、台风及未来趋势作出分析和预报，并提供给指挥部和有关成员单位；及时发布突发气象灾害预警信号，重大气象灾害通过媒体向社会公众滚动播报。
市通信管理局：负责组织、协调通信运营商做好汛期的通信保障工作，特别是要保障全市防汛等重要部门的通讯畅通，确保雨情、水情、汛情等防洪防台风信息和调度指令传递的通讯畅通；根据汛情需要，协调调度应急通信设备；协调各通信运营商做好防洪防台风公益短信的发布。
厦门电业局：负责做好防洪防台风用电保障工作，保障全市防汛等重要部门的工作用电；根据汛情需要，及时调度解决应急电源，及时调度解决排洪、抢险的电力需要；及时抢修受损的电力设施，恢复正常供电。
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