各区成立相应的指挥机构，由区人民政府主要领导或分管领导任指挥长，负责做好本行政区域的防洪、防台风、防潮工作，负责小型及以下的水利、防洪工程调度。市直各部门（单位）、各水工程管理单位成立防汛领导小组，负责做好本部门、单位的防洪、防台风、防潮工作。形成条块结合、分级负责、部门管理的防汛抗灾指挥体系。每年汛前，各级政府要及时调整、充实、明确防汛抗旱指挥部成员，并以正式文件下发。
2.2 组织机构职责
2.2.1 市指挥部职责
2.2.1.1 统一指挥全市防洪、防台风、防潮工作，宣布全市进入、结束紧急防汛期，启动、终止厦门市防洪防台风应急预案。
2.2.1.2 在市人民政府和上级防汛抗旱指挥部的领导下，贯彻执行相关决定、指令。
2.2.1.3 组织召开各区防汛抗旱指挥部、各成员单位参加的防洪、防台风工作会议，分析预测汛情、台风发展趋势，安排部署防洪防台风、防潮、救灾工作，制定各项防洪、防台风、防潮、救灾应急措施。
2.2.1.4 负责中型以上的水利、防洪工程调度，下达抗洪抢险救灾、中型水库泄洪等调度命令，组织各区防汛抗旱指挥部、相关部门实施防洪、防台风应急预案，并对预案实施情况进行检查、监督。
2.2.1.5 动员全社会参与防洪防台风抢险救灾，指导灾后恢复重建。
2.2.2 市防汛办职责
2.2.2.1 及时掌握汛情、工情、险情、灾情，及时对外发布灾情统计报告。
2.2.2.2 提出防洪防台风意见，为市指挥部提供决策依据；及时下达市指挥部的调度命令，完成市指挥部下达的各项任务；督促检查各项防洪、防台风、防潮、救灾措施的落实。
2.2.2.3 负责市级防汛抢险物资、器材的组织储备、调运，协调有关部门做好抢险物资、器材的储备和管理工作。
2.2.2.4 负责全市防汛抗旱的日常管理工作。
2.2.3 市指挥部成员单位职责
市水利局：负责组织、协调、监督、指导防洪防台风的日常工作；组织、指导全市防洪排涝工程的建设与管理；做好水资源的调度工作，提出防洪、抗灾、抢险方案（应急措施）；做好在建水利工程的安全度汛工作。
73111部队、厦门警备区：根据指挥部的要求，组织所属部队和民兵应急分队参加重大抢险救灾行动，协助当地政府转移、解救危险地带的群众。
武警厦门支队：负责组建防汛专业抢险队伍；根据指挥部的要求，组织实施抗洪抢险救灾，参加重要工程和重大险情的抢险工作；协助公安部门维护抗灾期间的社会治安秩序，协助当地政府转移、解救危险地带的群众。
市建设管理局：组织、指导全市建筑设施的防洪防台风工作；做好建筑工地、物业管理区的防洪防台风工作；及时统计建筑工地等人员转移情况报市指挥部。
市海洋渔业局：负责海洋渔业防台风的日常工作。负责制定海洋渔业防台风预案，并组织实施；监督、指导各区做好海上渔船回港、渔排人员上岸避风工作；做好灾情统计工作，及时掌握最新情况上报市指挥部；负责做好避风港的规划、建设与监督管理工作。
市市政园林局：负责市政、园林设施和所管辖的水利工程的防洪防台风工作。抗灾期间，及时组织做好城市排水、排涝、林木的支护加固等工作，做好供水、供气等的抢修。灾后，及时组织恢复供水、供气，城市树木、绿地的整复工作。
厦门海事局：负责组织、指挥海上船舶、设施的防洪防台风工作；及时向船舶发布台风信息；防台风期间，当船舶、海上设施遇险时，负责组织、指挥海上搜寻救助。
市委宣传部：正确把握全市防洪防台风宣传的舆论导向，及时组织、指导、协调各新闻单位做好防汛防台风新闻宣传工作和有关防灾抗灾救灾宣传报导资料的收集、汇编。
市发改委：协助做好防洪防台风规划的编制和基础设施建设工作；负责重点防洪防台风工程、主要流域治理项目建设、计划的协调安排。
市经发局：负责组织、指导各类工矿企业、乡镇企业做好防洪防台风工作；协调、指导电力部门做好电力调度工作，确保防汛防台风用电的供给。
市教育局：负责组织、指导、监督大中专院校、中、小学校等各级各类学校做好防洪防台风工作；监督、指导区教育主管部门做好学校危、漏校舍的维修和加固；负责组织做好高考等重大活动的防洪防台风安全工作，组织在校学生进行防洪防台风知识的教育宣传工作；必要时提出停课建议，报市指挥部同意后组织实施。
