（一）行政许可检查
1.清理范围：由各级农业行政主管部门核发农作物种子生产、经营许可证的所有种子企业。
2.检查内容：按照《
种子法》、《农业转基因生物安全条例》、《
广东省农作物种子条例》、《
农作物种子生产经营许可证管理办法》、《食用菌菌种生产经营管理办法》、《蚕种生产经营管理办法》和《广东省农作物种子经营许可证有效区域确定办法》、《
广东省农业厅关于蚕种生产经营许可的管理办法》中有关种子生产、经营许可的要求逐一检查。
注册资本：要求企业提供银行、或会计事务所、或审计事务所出具的2009年底该企业资产证明；
设施设备：要求企业出具生产、加工、仓储、检验等设施设备有效的、产权为该企业的证明；
品种选育：育繁推销一体化企业要有相应的育种条件，要求企业出具品种权证书或品种权转让合同；
技术人员：要求企业出具种子质量检验员和种子生产、加工技术人员的有效证明，以及该技术人员为本企业正式员工的有效证明。
企业行为：检查企业是否有制售假劣种子和侵权等违法行为。
3.工作分工：按照“谁发证谁清理”的原则，各级农业行政主管部门要对核发的种子生产、经营许可证进行逐一清理。农业部发证种子企业由省种子管理总站进行检查。
4.工作要求：各级农业行政主管部门要采取书面材料审查与现场检查相结合的方式，对已核发农作物种子生产、经营许可证的企业进行逐一清理。对于不符合相应种子生产、经营条件的企业，要责令其限期改正，逾期不改的，要依法处理；对于许可证有效期已过，或有违法行为的企业，发证机关要依法注销或吊销其许可证。各地级以上市农业行政主管部门要对县（市、区）清理情况进行督导检查，对群众举报的不合格企业要进行重点检查，许可证清理结果要向社会公布，以便社会各界监督以及主管部门在执法过程中查询。
（二）种子市场检查
1.检查范围
各级农业行政部门要对辖区内持证种子企业进行全面检查，检查重点是种子集中交易市场，作物重点检查杂交水稻、杂交玉米种子和进口蔬菜种子。各地可根据当地重点作物及季节特点、增加各时期重点检查的作物类型。每个地级以上市至少检查1个种子集中交易市场，一个种子集中交易市场要检查8个以上持证种子经营者或个体种子经营者；每个县（市、区）检查种子经营者的比例不少于50%。一个种子经营者检查2个以上种子样品。
