重大疾病门诊医药费补偿由重大疾病门诊基金支出，不占用普通门诊统筹基金。
五、门诊费用的补偿与结算程序
参合门诊病人须持身份证、《合作医疗证》等有效证件在县（市、区）内定点医疗机构就诊。
普通门诊：由定点医疗机构当场为就诊病人垫付应该补偿的门诊医药费用，垫付的费用由医疗机构与新农合经办机构结算，乡镇卫生院可以代村卫生室结算；定点医疗机构须提供“门诊补偿登记汇总表”，“门诊发票”，“复式处方（结算联）”等资料向经办机构申报资金。
重大疾病门诊：原则上先由病人自付全部医药费用，然后凭门诊收费发票和专用处方等资料，到新农合经办机构申请报销。
六、门诊费用的补偿比例与额度
普通门诊统筹基金补偿：普通门诊统筹基金补偿不设起付线，每人每年30元封顶，以户为单位核算，家庭成员之间可以互相转用，统筹基金为年度使用，年终不结转。村级医疗机构单次门诊费用补偿比例60%；乡级定点医疗机构单次门诊费用补偿比例50%；县级定点医疗机构单次门诊费用补偿比例不超过30%。在县外以及县内非定点医疗机构就诊的门诊费用原则上不予补偿。具体由各县（市，区）对本地次均门诊费用水平、年门诊人次等情况进行全面基线调查，结合当年门诊统筹可用资金的规模，精确测算确定。
重大疾病门诊基金补偿：起付线为300元，年度补偿封顶线为3500元。本年度门诊治疗费用在500元以上者，可进行补偿，500元-2500元，补偿35%；2500元-4500元，补偿45%；4500元以上按55%的比例补偿，酒泉市新型农村合作医疗管理办法规定的优抚对象重大疾病门诊医药费补偿比例提高5%。
七、门诊费用补偿范围
门诊统筹补偿范围主要包括药品费、治疗费和医技检查费。
1．药品费是指《甘肃省新型农村合作医疗药品目录（2008年版）》内的药品费用。
2．治疗费包括各种皮试、注射（不含适龄儿童免疫规划接种费用）和输液费，小型清创缝合、外科换药、针灸及拔罐等常规治疗费用。
3．医技检查仅限于县、乡两级医疗机构，包括X线透视和拍片，心电图，B超，化验等常规检查费用。
八、门诊定点资格和医疗规范的管理
1．门诊统筹定点资格的管理。强化门诊统筹定点医疗机构的准入和退出，对不严格执行门诊统筹工作要求、考核指标不合格的定点医疗机构，视其情节轻重分别给予通报批评、经济处罚、取消定点医疗机构等处罚。
2．门诊医疗规范的管理。门诊定点医疗机构必须使用酒泉市卫生局统一制作的门诊病历进行就诊登记，为就诊患者开具合作医疗门诊专用双联处方和专用三联收据（或发票），凭门诊补偿登记表申请垫付资金。得到补偿的门诊患者在门诊补偿登记表或专用处方上签名，并留下住址和联系电话号码，以便查对。
九、门诊费用控制与支付方式
1．控制各级定点医疗机构的次均门诊费用。各地通过基线调查，了解当地定点医疗机构门诊的次均费用水平，并提出上限控制标准。每人每天单次门诊处方费用县级控制在60元以内，乡（镇）级控制在40元以内，村级控制在30元以内。每人每天累计门诊处方费用县、乡（镇）、村分别控制在100元、60元、40元以内，根据患者病情需要，药物剂量原则控制在3天以内。
