（二）负责保护区内的水政监察、污染控制等行政执法和行政复议工作，查处重大违法行为；协调处理保护区内跨地区水事纠纷和环境污染等问题。
（三）负责保护区内河道维护和安全运行管理；负责保护区内渡口管理；组织开展保护区内违法违规建房及其他建筑物的清理拆迁工作。
（四）负责保护区内水质、水量和污染物排放的监督管理，审定水域纳污能力，提出限制排污总量意见和污染防治方案。
（五）负责保护区内重点区域非法河道取土和用地、违法使用滩涂、影响河道和堤坝安全、违规排放污染物等问题的经常性巡查和处理。
（六）负责保护区内水利设施、生态设施和环境保护项目的建设、管理和维护。
（七）编制保护区内降滩规划，综合管理保护区内河道土地使用工作。
（八）在市防汛抗旱指挥部领导下，协调保护区内防汛抗旱工作。
（九）监督管理保护区内林木砍伐工作；负责保护区内退耕绿化、湿地保护、生态建设、水土流失防治和野生动物保护工作；负责保护区内农药和渔业捕捞管理；负责保护区内土地权属管理。
（十）负责管理自然保护区的自然资源，对保护区内资源进行调查，编制保护区资源利用规划，建立监测系统和资源档案等；组织或者协调有关部门开展自然保护宣传教育及自然保护的科学研究；参与初审在自然保护区内的新建工程项目；依法纠正或者协助行政机关查处自然保护区内的违法行为；保护湿地资源生物多样性，维护湿地生态系统的完整性。
（十一）承办市政府交办的其他事项。
三、内设机构
根据上述职责，盘锦市辽河保护区管理局（辽宁双台河口国家级自然保护区管理局）设7个内设机构：
（一）办公室
负责机关政务工作的组织协调、文电处理、文字综合和对外联络工作；负责财务、项目资金筹措、安全保卫等工作；负责人事劳资、档案管理工作；负责机关党务工作。
（二）法制与宣传科（宣传教育中心）
负责起草保护区管理的地方性法规和规章；负责承办行政复议、行政诉讼工作；负责自然保护区科普宣传教育；负责保护区网络管理工作及信访工作。
（三）湿地与野生动植物管理科
负责保护区内湿地管理和野生动植物保护工作；拟订保护区科研规划，收集、整理保护区的最新科研成果，组织实施科研课题；负责保护区内现有资源状况调查与研究，掌握动态变化，建立环境、资源档案；负责保护区内资源的科学合理利用；开展动植物、土壤、气象、生态等方面的科学考察和研究；负责鸟类野生动物救护、驯养、繁殖以及重大疫源疫病监测工作；接待、联络有关国际、国内科研协作、访问、教学实习和学会工作；负责技术人员的业务培训与考核。
