各级各部门要按职能分工，明确责任，相互协调配合。
第二十二条 各县发展改革和畜牧部门具体组织符合条件的养殖场申报项目，并提出建设方案上报各市，经各市发展改革和畜牧部门审定后组织编制项目可行性研究报告（或实施方案），上报自治区发展改革委和水产畜牧兽医局，自治区发展改革委和水产畜牧兽医局审核批复各市项目可研报告（或实施方案）后联合上报国家发展改革委和农业部。
第六章 实施管理
第二十三条 严格投资计划管理。市县发展改革和畜牧部门不得擅自调整下达的投资计划，项目业主不得擅自更改建设内容、标准、规模，要按照批复的可研报告（实施方案）编制项目建设施工设计或实施方案，其中粪污处理部分工程，业主要委托具有相应资质设计单位编制施工设计，施工设计或实施方案由县畜牧部门审批。如确需调整，须按程序上报自治区发展改革委和自治区水产畜牧兽医局审批，或经自治区发展改革委和自治区水产畜牧兽医局委托市发展改革委和水产畜牧兽医局审批；涉及业主调整，须从候选替补名单选择。
第二十四条 项目建设实行限时开工制。 本项目建设期限为6个月（从项目资金下达到县财政算起）。县级发展改革和畜牧部门接到市级项目建设投资计划后，要在5个工作日内通知到项目业主，项目业主接到通知后15个工作日内完成相关建设实施方案（施工设计）并报到县级畜牧部门，畜牧部门要在10个工作日内完成建设实施方案（施工设计）批复，并通知到项目业主。项目业主收到批复后，须在1个月内开工建设项目，超过2个月不开工建设项目，县级主管部门有权收回项目，另行安排。
第二十五条 严格资金管理。各级财政要及时下拨资金，做到专账管理，专款专用，不挪用，不截留。项目业主要按照财务制度的要求，健全财务制度，设立财务账户，专账管理，做到专款专用，不得挪用。
第二十六条 项目建设资金使用实行报账制。项目建设实施方案（施工设计）批复后，项目业主用自有配套资金进行项目建设，项目管理部门按施工进度拨付补助资金。项目业主每完成1/5国家计划投资量，可向县级畜牧部门提出报账申请，县级畜牧部门现场复核并提出审核意见，报县发展改革部门核准后，提交县财政部门拨付资金。
工程拨付补助资金控制在整个补助资金的80％以内，待项目竣工验收合格后，才能办理最后一次报账，拨付完建设资金。
