第十一条 小农水专项资金根据因素法进行分配，包括自然因素、经济因素和绩效因素三类。“自然因素”包括耕地面积；“经济因素”包括粮食总产量、商品粮产量、人均粮食产量；“绩效因素”包括市县财政投入力度、资金整合、农民投工投劳、项目和资金管理等绩效考核结果。
省级根据年度小农水专项资金规模以及上述因素，测算确定分配给各项目县的资金补助额度。
第十二条 省以上财政对苏南、苏中、苏北的补助比例分别不超过投资总额的50%、60%、70%，对宿迁不超过80%。
第十三条 小农水专项资金的申报主体，包括重点县申报主体和专项工程申报主体。
（一）重点县申报主体为县级财政和水利部门。
（二）专项工程申报主体包括：
1．农户或联户；
2．农民用水合作组织；
3．村、组集体；
4．其他农民专业合作经济组织。
第十四条 省财政厅、水利厅根据财政部、水利部下发的年度小农水专项资金项目立项指南以及专项资金规模，结合本省实际及时制定和发布年度项目立项指南，明确小型农田水利建设总体要求、建设范围与内容、项目申报条件和要求。
第十五条 重点县通过竞争立项确定。重点县建设项目由市县财政局、水利局根据省发布的立项指南自下而上进行申报，由省财政厅、水利厅组织专家按照公平、公开、公正的原则评审公示后确定。
市县财政、水利部门共同对各自上报的申报材料的完整性、真实性负责。
第十六条 重点县建设项目确定后，省财政厅会同省水利厅下达省以上小农水专项资金控制指标，市县财政、水利部门据此编制年度项目建设方案。
重点县建设项目，由市县财政、水利部门依据县级农田水利规划以及重点县的建设目标和要求，组织编制《小型农田水利重点县建设方案》、《小型农田水利重点县建设标准文本》等申请材料和文件，联合（区由市汇总后）向省级财政、水利部门申报。
专项工程建设项目，由符合条件的申报主体提出申报后，市县财政、水利部门负责归类汇总，以县为单位组织编制《小型农田水利专项工程建设方案》和《小型农田水利专项工程建设标准文本》等申请材料和文件，联合（区由市汇总后）向省级财政、水利部门申报。
