（二）一级医院及以下医院单次住院可报费用不得超过1万元，二级医院单次住院可报费用不得超过3万元。
（三）实行保底补偿。单次住院补偿总额低于本次住院总费用30%的，按30%的比例补偿（年累计补偿总额不超过5万元）。
（四）对参加新型农村合作医疗的五保户、低保户和重点优抚对象实行零起付线。
（五）住院正常分娩定额补偿200元，剖宫产定额补偿300元。产后并发症、合并症住院治疗执行住院补偿规定。
（六）一年内因患不同疾病，在二级及以上医院多次住院，只计算首次住院的起付线；患同一种疾病在不同级别的医院连续转诊住院，只计算最高级别医院的一次起付线。在乡镇卫生院（或一级医院）多次住院，分次计算起付线。起付线以下费用个人自付。
（七）门诊统筹和慢性病补偿方案另行制定。
五、补偿范围
（一）严格对照《安徽省新型农村合作医疗药品目录（2008版）》和《安徽省新型农村合作医疗基金不予支付和部分支付费用的诊疗项目与医疗服务设施范围（试行）》规定药品和医疗服务项目实行补偿。目录外药品一级医院不超过5%，二级医院不超过10%，三级医院和市外医院不超过25%，但是急诊抢救除外。
对于支付部分费用的诊疗项目，单次（项）检查和治疗费用在1000元以内的按85%、1000元以上的按75%计入可报费用；单次（项）特殊材料费用，在1000元以内的按70%、1000元以上的按60%计入可报费用。
（二）参合农民在日常生活和劳动中发生的意外伤害，若无他方责任，则按疾病住院补偿标准执行；对于不能提供可靠证据证明无他方责任的意外伤害住院治疗费用，按疾病住院补偿规定测算补偿额的70%执行；对于他方有责任但又无法履行赔偿责任的特大意外伤害，对其住院费用5000元以上部分按疾病住院补偿规定测算补偿额的50%执行。所有意外伤害补偿在所在的行政村公示一个月后，无异议、无举报，或调查明确后，统一由市合医办兑付补偿金。
（三）对既参加合作医疗又参加商业医疗保险的农民住院补偿，其补偿待遇与未参加商业医疗保险的参合农民同等对待。对同时参加两种由政府举办的医疗保险的农民工和在校学生，可享受两次补偿，但第二次补偿在新农合部门办理时，仅对第一次补偿后的余额进行审核和结算。父母已参合的新生儿在产后7日（含7日）内因疾病住院发生的医药费纳入补偿范围。参合农民于住院当天在门诊检查，且与当次住院密切相关的门诊检查费用纳入当次住院医药费用一并计算。
