1、规划指导原则。重点县建设要符合县级农田灌溉工程规划，按照规划要求组织实施，避免盲目和重复建设。
2、因地制宜原则。要根据当地水资源条件、生产实际需要和投资可能，确定工程措施和类型，做到经济上合理，技术上可行。
3、农民自愿原则。要充分尊重农民意愿，项目建设方案、投资投劳方案和管理运行方式要经受益区农民同意或民主议事通过。
4、项目统筹原则。要统筹考虑项目区实际情况，合理安排项目布局、建设内容和规模。
5、资金整合原则。以重点县建设为平台，以小农水专项资金为引导，在不改变资金性质核用途的前提下，积极整合各级各类涉及农田水利建设资金，统筹安排，集中使用。
第十七条 合规性审查通过后，重点县编制年度实施方案，由县级水利、财政部门联合逐级向省水利厅、财政厅申报。省水利厅、财政厅组织专家对实施方案进行审查，审查通过后，省财政及时下达资金。重点县按照批复的实施方案，具体组织实施。
第五章 建设与管理
第十八条 重点县人民政府主要领导作为小农水重点县建设工作第一责任人，并成立小型农田水利重点县建设领导小组，确定办事机构，明确分工、落实人员。
第十九条 由江西省小型农田水利重点县建设领导小组负责人与重点县小型农田水利重点县建设领导小组负责人签订小农水重点县建设责任书，进一步明确建设期内的建设目标、任务和职责。
第二十条 重点县建设要确保中央和省级资金专款专用，县级政府按要求相应投入到位；积极整合相关资金。充分发挥受益区农民群众的主体作用，按照村内公益事业筹资筹劳“一事一议”的规定，遵循农户自愿、直接受益、量力而行、合理负担的原则，积极鼓励和正确引导农户投资投劳参与小农水工程建设。
第二十一条 重点县建设项目要严格执行国家及水利行业的有关技术标准以及我省制定的《江西省小型农田灌溉渠道及建筑物设计实用手册》等。各级水利部门要加强重点县建设项目管理，积极推行项目法人制、招投标制、建设监理制、合同管理制以及农民义务监督员监督制。同时引导受益群众积极参与工程质量监督，逐步建立起政府监督、社会监督及受益群众监督相结合的质量监督体系。
