综合协调厅机关政务、事务工作；负责文电、会务、机要、信息、外事、档案、翻译、修志、督查、保密等机关日常工作以及政务公开、新闻发布、来信来访、安全保卫、信息化建设等工作。
（二）政策法规处
组织起草自治区卫生、食品安全、药品、医疗器械相关法规规章草案，组织拟定区域卫生政策和标准；负责卫生系统法制建设工作，承担机关有关规范性文件的合法性审核和有关行政复议、行政应诉工作。
（三）规划财务处
拟订自治区卫生事业中长期发展规划，推动区域卫生规划工作；统筹规划与协调全区卫生资源配置，管理大型医用装备的配置；提出自治区医疗服务价格、药品价格、基本医疗保险费用结算等政策建议；统筹管理中央补助公共卫生专项资金和项目；拟订自治区药品和医疗器械采购相关规范；负责厅机关和直属单位财务、资产管理工作。
（四）卫生应急办公室（自治区突发公共卫生事件应急指挥中心）
拟订自治区卫生应急和紧急医学救援规划、制度、预案和措施；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；指导各地对突发公共卫生事件和其他突发事件实施预防控制和紧急医学救援；组织实施对突发急性传染病的防控和应急措施；对重大灾害、恐怖、中毒事件及核事故、辐射事故等组织实施紧急医学救援；发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（五）疾病预防控制处
拟定全区重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施；完善重大疾病防控体系，防止和控制疾病的发生和疫情的蔓延；承担发布法定报告传染病疫情信息工作。
（六）农村卫生管理处（自治区新型农牧区合作医疗管理办公室）
拟定自治区农村卫生事业发展规划和相关政策，监督指导国家和自治区农村卫生政策的落实；综合管理农村基本卫生保健和新型农牧区合作医疗工作，确保新型农牧区合作医疗制度健康运行；指导全区农村卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作。
（七）妇幼保健与社区卫生处
拟订自治区妇幼卫生、社区卫生政策、规划、规范并组织实施；组织实施《
母婴保健法》及其配套法规规章和规范；对妇幼保健实施监督管理，牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作。
（八）医政与医疗服务监管处
拟订医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准，并组织实施；组织实施医务人员执业标准和服务规范；指导医院临床重点专科建设、医院感染控制、医疗急救体系建设、临床实验室管理等工作；参与药品、医疗器械临床试验管理；承担医疗服务监管工作，建立医疗机构医疗服务质量评价和监督体系，组织开展医疗质量、安全、服务、财务监督和评价等工作；承担推进公立医院管理体制改革工作。
（九）食品安全综合协调与卫生监督处
