（一）办公室（法制科）
负责机关政务、业务工作的综合协调和督促检查；拟订工作制度并负责监督检查；负责文电、会务、机要、档案、机关财务、国有资产、车辆、信访、接待、保密、社会治安综合治理、政务公开、新闻发布、信息报送等机关日常工作。
拟订本系统的依法行政规划和年度工作计划，并组织实施；拟订依法行政意见，并组织专项检查；起草本行业实施管理的规范性文件；负责对本系统作出的具体行政行为（许可、处罚、强制、征收等）进行前置性审查；受理并承办本系统违法行为的查处工作；管理行政执法证件；指导本系统法制宣传教育工作。
（二）规划财务科
研究拟订全市卫生发展规划；提出并组织实施卫生基本建设计划；负责全市卫生系统药品管理工作；制定卫生资源的合理使用原则以及重大医疗器材配备的规划布局；组织实施卫生服务价格工作；负责市直卫生单位国有资产管理；负责市本级卫生预算经费管理；负责对市直单位卫生审计和卫生信息统计工作。
（三）人事科
负责局机关及所属单位机构编制、人事和劳资工作；拟订全市卫生系统人事分配制度改革方案并组织实施；负责机关公务员及参照
公务员法管理事业单位工作人员培训工作；研究制定卫生人员职业道德规范。
（四）医政科（中医科、市新型农村合作医疗办公室）
负责贯彻落实医疗机构、采供血机构、医务人员、医疗技术应用、中医中药有关政策、规定和标准；组织实施各级各类执业医师准入考试考核工作；负责医疗机构设置、执业许可、变更登记、个体行医、医师资格及执业注册和变更、外籍医师在华短期执业许可审批；负责医疗机构开展医疗气功活动和从事医疗气功人员资格认定；负责麻醉药品、第一类精神药品购用证明核发；负责介入放射学诊疗许可审批；组织协调医疗事故处理；负责中医医疗、护理、临床用药及人才培养和中医药适宜技术推广应用工作；研究拟订农村卫生事业发展规划；监督指导全市农村卫生体系建设和乡村医生相关管理工作；负责全市新型农村合作医疗综合管理工作。
（五）疾病控制科
负责全市疾病预防控制工作；研究拟订重大疾病的防治规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施，依法组织卫生技术力量对重大传染病、地方病、慢性非传染性疾病的综合防治；有效控制疫情，防止疾病的发生、蔓延；协调并指导健康教育工作。
