根据突发事件等级，成立相应的省、市、县级农作物有害生物及农业外来生物入侵应急防控指挥部（以下简称省指挥部），省人民政府分管副省长任总指挥，省人民政府分管副秘书长、省农业厅厅长担任副总指挥。
成员由省委宣传部、省发展改革委、省财政厅、省交通运输厅、省林业厅、山西出入境检验检疫局、省气象局、省邮政管理局、太原铁路局、省民航机场管理局、省农业厅有关负责人组成。
省农作物有害生物及农业外来生物入侵防控指挥部负责组织领导全省农作物有害生物和农业外来生物入侵的应急防控工作；负责全省农作物有害生物及农业外来生物入侵灾害应急防控重大事项的决策，部署应急防控工作；组织协调和指挥对农作物有害生物灾害及农业外来生物入侵的预防、控制和应急处置工作。应急响应后，负责对外发布农作物有害生物灾害发生、防控情况及农业外来生物疫情发生、防控情况。
省指挥部下设办公室。
2.2 办公室职责
办公室设在省农业厅，是全省农作物有害生物及农业外来生物入侵灾害应急防控工作的日常办事机构。其主要职责是：
2.2.1 具体负责省指挥部值守应急，信息汇总和综合协调等日常工作；
2.2.2 组织实施农作物有害生物及农业外来生物入侵灾害防控工作；根据农作物有害生物及农业外来生物入侵事件的发生进展，向指挥部建议响应、终止应急响应的建议；提出对有关区域实施检疫封锁的建议；
2.2.3 应急响应后，按照省指挥部的决定，负责调配防控灾情所需的资金和农药、药械等应急物资；
2.2.4 负责向省人民政府、农业部上报有关情况；经省指挥部批准，及时向各有关部门和媒体通报情况。
2.2.5 总结农作物有害生物及农业外来生物入侵灾害发生的原因，控制效果和灾害损失等。
2.2.6 省防控指挥部办公室设专家组和现场工作组，其组成及职责如下：
（1）专家组
专家组由教学、科研和推广部门的有关专家组成（专家组名单见附件9），由省农业厅牵头，负责农作物有害生物灾害的调查，农业外来生物入侵风险性分析和评估；对重大农业有害生物及农业外来生物入侵防控技术方案提供技术咨询；对处置农作物有害生物及农业外来生物入侵灾害提出防控处置建议，必要时参与现场处置；开展农作物有害生物及农业外来生物入侵灾害的科学研究。
（2）现场工作组
发生农作物有害生物或农业外来生物灾情后，省指挥部派现场工作组前往灾害发生地。工作组由省委宣传部、省发改委、省财政厅、省交通运输厅、省林业厅、省气象局、山西检疫检验局等有关单位组成，由省农业厅牵头。负责指导当地政府对农作物有害生物或农业外来生物入侵灾害开展防控和应急处置工作。
