参合门诊病人须持《合作医疗证》（慢性病患者持《慢性病就诊证》）等有效证件在县（市、区）内定点医疗机构就诊。
普通门诊：由定点医疗机构当场为就诊病人垫付应该补偿的门诊医药费用，垫付的费用由医疗机构与新农合经办机构定期结算，乡镇卫生院可以代村卫生室结算；定点医疗机构须提供“门诊补偿登记汇总表”、“收费发票（或电脑打印的收费清单）”、“复式处方（结算联）”等材料向经办机构申报补偿资金。
慢性病专科门诊：原则上先由病人自付全部医药费用，然后凭门诊收费发票或电脑费用清单或专用处方，携《慢性病就诊证》到新农合经办机构申请报销。
四、门诊费用的补偿比例与额度
普通门诊费用补偿不设起付线。补偿比例和补偿额度，由各县（市、区）对本地次均门诊费用水平、年门诊人次等情况进行基线调查或统计分析，结合当年门诊统筹可用资金的规模测算制定。
乡镇卫生院（含一级医疗机构）的单次门诊费用补偿比例可以定在50%左右，村卫生室单次门诊费用补偿比例可以定在60%左右；乡镇卫生院（含一级医疗机构）单次门诊补偿封顶额可以定在10--15元，村卫生室单次门诊补偿封顶额可以定在8--10元。
县级医院是否作为门诊统筹定点医院，由县级卫生行政部门决定。在县外以及县内非定点医疗机构就诊的门诊费用一般不予补偿。
慢性病门诊的补偿比例和封顶线按各县（市、区）《新型农村合作医疗实施方案》执行。
五、门诊费用补偿范围
1、《甘肃省新型农村合作医疗药品目录（2008年版）》内的药品费用，推行国家基本药物目录的地区，执行基本药物目录的规定。
2、注射费、清创缝合及外科换药费、针灸及拔火罐费用等常规治疗费用。
3、X线、心电图、B超、化验等常规检查费用（仅限于县乡两级医疗机构）。各地应对上述三项费用作进一步明细规定。
六、门诊定点资格和医疗规范的管理
1、门诊统筹定点医疗机构资格的管理。采取医疗机构自愿申报、县级新农合管理经办机构考核评估、县级卫生行政部门审批发证的办法，确定医疗机构的门诊统筹定点资格。由县级合作医疗管理经办机构与定点医疗机构签订门诊服务协议。
