1、省级卫生行政部门。省卫生厅负责制订全省项目工作实施方案，监督与指导项目实施情况，成立由有关管理人员和专家组成的技术指导小组，对各地项目实施情况进行检查，定期总结和交流经验，并及时上报卫生部。
2、市级卫生行政部门。负责制订全市项目工作具体实施方案，建立组织，明确责任，承担辖区内项目工作的安排指导与实施，并定期向省厅项目办反馈情况信息，推进项目工作的开展。
3、县级卫生行政部门。负责制订全县项目工作实施方案，及时掌握项目工作进展，承担项目工作的具体实施、监督与管理，定期向市卫生局、省卫生厅反馈工作动态和信息。
4、支援单位。根据受援单位的实际情况和需求，有针对性地制定项目支援工作计划。选派思想作风好，业务素质高，指导能力强，身体健康，能够积极开展工作的专业技术人员组成工作组派驻到受援单位，定期轮换开展业务工作。加强对派出人员的管理，使项目实施效益实现最大化。
5、受援单位。为派驻人员提供必要的工作和生活条件，及时帮助解决工作和生活中出现的困难和问题。充分利用接受帮助支援的机遇，发挥主观能动性，调动各方面积极性，做好支援人员的出勤、考评、鉴定等工作，以此提高乡镇卫生院的管理能力和服务能力。
四、项目管理
（一）项目资金的分配与使用：“二级以上医疗卫生机构对口支援乡镇卫生院项目”中央及地方财政给予了资金补助。按照项目管理的有关要求，对支援单位补助5.4万元（按照每所乡镇卫生院派驻3人，每名派驻人员每年1.8万元的标准），用于派驻人员在受援单位工作期间的伙食费、旅差费、工资等一切费用。其中派驻人员的工资不得低于本单位平均工资，每月最少得报销一次单位到派驻地往返旅差费，派驻人员在支援期间按照相关规定标准的伙食费、旅差费、工资等一切费用全部由支援单位支付。根据支援任务完成情况，省级财政还将对各受援单位、有关市（行署）卫生局及县（市）卫生局给予一定的补助经费，其补助经费按以奖代拨的方式给付，资金的补助标准及拨付办法将另行通知。
（二）资金管理。有关部门和项目单位应严格执行《项目管理方案》及有关经费管理规定，专款专用，不得套取、挤占、挪用项目资金，省卫生厅、省财政厅将加强对项目资金的监督管理，发现问题，严肃处理。有对口支援项目的各有关单位要建立专账，并保留有关发生的交通费、伙食费、工资补助等有效票据。
