1、财政部门主要检查内容：
一是制度建设情况。是否制定本地区扶贫资金使用、管理、监督等方面的办法、制度或规范性文件，各项目实施单位是否有扶贫资金使用管理的内控制度等。
二是资金管理情况。各项财政扶贫资金的管理是否执行了《重庆市财政扶贫资金管理实施办法》、《重庆市财政扶贫资金报账制管理实施细则（试行）》及其他相关规定。
三是资金安排使用情况。是否建立扶贫资金绩效考评机制；资金安排是否符合投向，尤其是市级切块到各区县的资金，是否按要求或项目进度及时拨付或履行报账，有无将资金长期滞留而影响项目实施进度和效益的情况，有无截留、挪用、挤占、虚报冒领、贪污私分以及虚列支出或用于弥补预算缺口的情况。重点抽查扶贫专项资金的使用情况，如：科技扶贫资金、产业化扶贫资金、农村基础设施专项建设资金、市级少数民族发展资金中用于农村社会事业发展的专项。
四是有无违反其他财政法规和财经纪律的情况。
2、扶贫项目主管部门（扶贫办、发展改革委、民宗委）主要检查内容：
一是项目计划执行情况。有无擅自改变年度计划而调项，变更项目建设内容、规模和地点的现象；有无违反规定改变资金使用范围和投向的情况。
二是项目管理情况。是否执行了《重庆市财政扶贫项目管理暂行办法》，是否严格项目申报、立项、审批、公示、验收和管护等程序，是否建立和完善项目档案。
三是项目建设质量和效益情况。项目建设是否符合国家和有关部门规定的建设标准。项目建成后的效益（包括扶贫效益、社会效益、经济效益、生态效益等）是否达到预期目标。
四是问题和建议情况。项目建设与管理工作中的典型经验和当前存在的主要问题有哪些，对进一步搞好扶贫项目建设与管理的有关意见和建议。
四、时间、方法和步骤
专项治理活动自2008年7月下旬起至12月底结束。分动员部署、区县自查、重点抽查、检查验收、总结评比五个阶段进行。
1、动员部署阶段（2008年7月下旬至8月上旬）。传达学习国开办发[2008]33号、渝扶办发[2008]21号文件精神，研究制定本地区、本部门贯彻落实措施，扶贫开发领导小组组织相关部门召开会议，明确任务、提出工作要求。
2、区县自查阶段（2008年8月中旬至本月底）。有关区县按照专项治理内容，逐项、逐条进行自查，对查出的问题及时整改，并将整改情况报市扶贫开发领导小组办公室。
3、重点抽查阶段（2008年9月1日至15日）。全市重点抽查9个区县（其中：重点县6个，非重点县3个）。同时抽查扶贫系统接受和使用抗震救灾资金使用情况和2007年度武隆、云阳、酉阳三个片区开发试点资金情况。
