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1、政府职责：各旗县区政府负责本行政区域第五轮全球基金艾滋病项目的组织领导和协调工作。要充分发挥艾滋病防治工作委员会的作用，建立协调机制和工作责任制，加强监督考核，调动并组织相关部门、单位和社会各界积极合作密切配合，共同做好项目的各项工作。
2、卫生部门职责：各级卫生行政部门具体负责项目的组织实施。制定执行方案、工作计划及有关的制度等，协调并组织开展督导、质量控制和考核验收工作。
各级疾病预防控制中心（卫生防疫站）按照方案的要求负责完成第五轮全球基金艾滋病项目调查项目的培训、现场调查、人群干预、质量控制、督导与评估和总结报告等。负责为相关部门提供技术支持，落实本部门各项工作具体措施和活动，印制相关的各类调查表格、宣传品以及通报疫情、反馈信息，并配合相关部门开展培训工作。按照属地管理的原则，对艾滋病病毒感染者和艾滋病病人进行医学随访。
各级卫生监督机构依法对本地区的医疗卫生、保健、采供血等机构的艾滋病工作进行监督检查。负责规范性病门诊的诊疗活动，依法加强性病诊疗市场的管理。配合疾控中心共同完成对娱乐场所的暗娼、男男同性恋等人群的现场调查和采血等工作 。
3、公安、司法部门：提供第五轮全球基金艾滋病项目工作中要求的一些基础材料等。派员参加或提供其它支持，全力协助卫生部门完成对娱乐等场所各类人群的调查和行为干预等工作，对不配合的业主和场所采取必要的强制性措施。
对从事打击卖淫嫖娼、吸毒等的行政管理人员及戒毒所、收容教育所、劳教所、监狱和派出所的民警进行有关艾滋病、性病防治知识的培训。
在戒毒所、收容教育所、劳教所、监狱等场所开展预防艾滋病、性病的宣传教育活动。对戒毒、收容、劳教、服刑人员进行性病检查治疗。与卫生部门合作做好羁押人员的艾滋病病毒抗体检测工作。
对被依法逮捕、拘留和在监狱中执行刑罚以及被依法收容教育、强制戒毒和劳动教养的艾滋病病毒感染者和艾滋病病人，应当采取相应的防治措施，防止艾滋病传播。
4、工商、教育、文化、建设部门职责： 提供第五轮全球基金艾滋病项目工作中要求的一些基础材料等，提供必要的支持，积极协助卫生部门开展艾滋病项目针对的工商业主、从业人员和建筑工地民工等各类人群的防治工作。要组织开展对上述各类人群开展艾滋病及相关知识的宣传和培训。高等院校、中等职业学校和普通中学要将艾滋病防治知识纳入健康教育教学计划中，组织学生学习艾滋病防治知识。
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