中期督促检查在每个考核期的第三年进行。中期督促检查前，各盟行政公署、市人民政府组织各旗县（市、区）人民政府开展自查，形成盟市、旗县自查报告，在检查年度的1月份报考核工作组各成员单位。中期督促检查结束后，考核工作组将督促检查结果上报自治区人民政府。对发现的问题，由考核工作组及时向有关盟行政公署、市人民政府及旗县（市、区）人民政府反馈，提出整改意见。
期末综合考核在考核期结束的次年进行，对5年来各旗县（市、区）人民政府防沙治沙工作全面检查，综合考核（考核内容见附件）。期末考核前，各盟行政公署、市人民政府组织各旗县（市、区）人民政府开展自查，形成盟市、旗县自查报告，于考核年度1月份报考核工作组各成员单位。
七、防沙治沙目标责任考核内容为沙化土地变化情况、防治措施和保障措施。沙化土地变化情况的考核，以生态重点工程任务、全国荒漠化和沙化土地监测结果为依据，结合遥感卫星数据，由自治区林业厅、农牧业厅、水利厅、国土资源厅、内蒙古气象局对各旗县（市、区）5年沙化土地的变化情况进行打分。防治措施和保障措施的考核，由考核工作组通过听取汇报、查阅资料、现场调查等形式，按照评分标准打分。其中，国家生态重点工程实施情况的考核，由自治区林业厅、农牧业厅、水利厅、发展改革委、监察厅依据各自的行业标准、技术规程、管理办法进行汇总统计，按照评分标准打分。沙区植被保护情况的考核，由自治区林业厅、农牧业厅按照林草植被保护制度的有关规定打分。对沙区水资源管理情况的考核，由自治区水利厅按照合理利用水资源的有关规定打分。对沙区开发建设项目环境影响评价和水土保持方案落实情况的考核，由自治区环境保护厅、水利厅、国土资源厅根据开发建设项目植被恢复、环境影响评价和水土流失治理情况的有关规定打分。对沙化土地单位治理责任制落实情况的考核，由自治区林业厅、农牧业厅、水利厅按照职责分工进行考核打分。对防沙治沙规划编制情况的考核，由自治区发展改革委、林业厅、农牧业厅、水利厅、国土资源厅依据防沙治沙有关法律法规规定打分。对防沙治沙资金投入情况的考核，由自治区财政厅按照各旗县（市、区）财政收入和增长情况进行打分。其他内容的考核，由考核工作组综合评定打分。
八、考核结果分为工作突出、工作合格和工作不合格三个等级。考核内容量化评分，总分为100分。考核得分在90分以上的为工作突出，60分－89分的为工作合格，60分以下（不含60分）的为工作不合格。
