（二）核查水路运输企业的经营资质：主要核查企业的经营资质现状，重点检查组织机构、从业人员是否满足《
国内船舶运输经营资质管理规定》（交通部令2001年第1号）所规定的条件；检查船舶经营人是否按广东省交通厅《关于开展进一步落实我省营运船舶经营管理责任活动的通知》（粤交水【2007】653号）落实船舶经营管理责任，核查从事委托经营的水路运输企业与委托经营船舶是否签订了委托管理协议书，委托管理协议书是否明确了双方在船舶管理等方面的权利和义务，对安全责任是否有明确的界定。对经营资质已发生了变化而未能满足规定条件的，一律限期整改，经整改仍达不到要求的，取消其经营资格。
（三）核查经营人的经营资格。重点核查运输船舶有关证书是否齐备、有效。对核查合格的船舶，由核查机关核发《船舶年审合格证》；未通过核查的船舶不核发《船舶年审合格证》。对原委托经营的跨省客船、液货危险品船，应于2008年12月31日前，采用组建符合经营资质的新公司或光租给具有经营资格的公司等方式经营。核查水路运输服务经营人的经营许可证。
（四）核查水路运输企业的经营管理情况。重点检查经营人生产经营现状、运输规费交纳情况、安全生产责任制落实及签订安全生产责任书情况、反走私工作落实及签订反走私责任书情况、安全规章制度是否具有可操作性以及落实情况等。
五、办理核查应提交资料（含纸质资料及电子版）
（一）水路运输（含港澳航线）企业及其所属船舶办理核查须提交的资料
1、《水路运输（服务）企业、个体（联户）核查报告书》（附表一）；
2、《营运船舶核查登记表》（附表二）；
3、《水路运输企业（营运船舶）运输统计表》（附表三）；
4、《国内船舶运输经营资质认可通知书》原件；
5、《船舶营业运输证》原件；
6、《国际船舶运输经营许可证》复印件（国际海运企业提供），《水路运输许可证》原件（内贸航线企业提供）；
7、有效《营业执照》副本复印件；
8、2007年水路运输费缴费收据复印件；
9、2007年度生产经营财务统计报表；
10、2007年1-12月税收转账专用完税证原件及复印件。
