2．继续深化理论学习。（6月初－7月上旬）
　　坚持把学习理论贯穿始终，力求学习实践活动每推进一步，理论学习都能够深化一步，党员干部的思想认识能够提高一步。要在前两个阶段学习的基础上，紧密联系高校改革发展实际、当前国际经济形势急剧变化的实际、高校教学科研实际和广大师生党员的思想实际，通过报告会、学习会、研讨会等形式，组织党员干部学习中央领导同志有关讲话精神，研读中央规定的必读书目，进一步加深对科学发展观的认识和理解。校、院（系）两级领导班子和党员领导干部要带头深化理论学习，切实做到学以致用、用有所成，为解决影响学校科学发展的突出问题、解决党性党风党纪方面存在的突出问题、创新和完善促进学校科学发展的长效机制奠定坚实的思想基础。
　　3．制定整改落实方案。（6月上中旬）
　　学校整改落实方案在校级领导班子分析检查报告的基础上研究制定。学校党政主要负责同志要亲自抓整改落实方案的制定，领导班子要集体讨论研究，真正把解决问题和完善制度的工作具体化、目标化、责任化，使整改落实工作有章可循，群众满意度测评有据可依。
　　制定整改落实方案要充分发扬民主，广泛听取师生意见，强调问计于民、问需于民。方案要做到“四明确一承诺”：一是明确整改落实项目。把查摆出来的突出问题进行全面分析和归类梳理，列出具体项目，特别要把影响学校科学发展和事关师生切身利益的突出问题纳入整改落实项目。二是明确整改落实目标和时限要求。按照问题的轻重缓急和难易程度，明确近期目标和中长期安排。对于具备条件、可以在学习实践活动期间解决的问题，要有具体的解决时间；对于确有困难、需要较长时间才能解决的问题，要列出大体的时间表。三是明确整改落实措施。对需要整改落实的问题，逐项研究分析，制定解决问题的有效措施和具体办法。四是明确整改落实责任。建立整改落实责任制，逐项明确责任领导、责任部门和责任人，把整改任务分解细化、落到实处。五是做出公开承诺。采取适当形式在校内公布整改落实方案，作出公开承诺，便于党员群众监督落实。
　　整改落实方案公布前，要经省委指导检查组审核把关，并于6月20日前报省高校学习实践活动领导小组办公室备案。
　　4．集中解决一些突出问题（6月底前）
　　根据整改落实方案，从本校实际出发，坚持什么问题突出就集中解决什么问题。各校要围绕培养和造就合格的中国特色社会主义建设者和接班人这一根本任务，重点解决人才培养质量、教师队伍建设、服务经济社会发展、促进毕业生就业、维护校园稳定等方面的突出问题；围绕弘扬优良作风、建设良好的校风教风学风，重点解决党员干部党性党风党纪方面的突出问题以及学术道德、学风建设中存在的突出问题。

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