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5.3.1寻找病因线索
通过对患者的症状、体征、实验室检测结果、临床治疗结果及转归等资料进行分析，为判定疾病主要影响的器官、病原种类、影响流行的环节提供最基本的线索。病因线索的调查先按感染性与非感染性两类查找病因线索，然后逐步细化。
（1）根据起病方式、发热（热度、热程、热型）、病情进展、常规检验结果，判定是感染性疾病，还是非感染性疾病；
（2）考虑为感染性疾病时，根据患者的症状、体征，实验室检测结果，以及诊断性治疗反应，进一步判定是细菌性、病毒性，还是其他病原微生物的感染，再判定有无传染性，然后通过临床综合分析提出可疑的病原；
（3）考虑为非感染性疾病时，需先判定是否为中毒。各类中毒都有相应的靶器官，根据疾病发生经过、毒性特点确定中毒的可能性。同时结合进食、职业史等暴露资料，寻找可能引起中毒的毒物线索。
（4）排除上述原因后，再考虑心因性、过敏性或其他原因的可能性。
5.3.2 建立病因假设
掌握背景资料，归纳疾病分布特征，从描述流行病学特征入手，形成病因假设。
5.3.2.1 分析疾病的“三间”分布
（1）疾病的时间分布：分析疾病的时间聚集性，推测致病因子的性质（传染性与非传染性、感染性、化学性等）。
（2）疾病的地区分布：分析疾病的地区（居民社区、学校、工作、娱乐及其他公共场所、旅行地等）聚集性，找出可能的暴露地点，或将疾病与某种暴露相联系，提供潜在暴露来源及途径的线索。
（3）疾病的人群分布：找出与疾病有关的宿主（人群）特征，提供高危人群的线索，帮助探索特异暴露因素或传染源、传播方式等。
5.3.2.2 提出病因假设
综合分析疾病的三间分布信息，以及其动态变化趋势，在合理的、能被调查事实所支持的、能解释大多数病例的前提下提出病因假设，包括致病因子、危险因素及其来源、传播方式（或载体）、高危人群等。
5.3.3 病因判定
结合流行病学调查、临床表现和实验室检测结果，判定病因与疾病的因果联系
5.3.3.1 病因判定方法
满足以下条件即可基本判定为病因：（1）从一定数量的病人中分离到该病原体；（2）大多数病人感染病后能产生针对该病原的抗体；（3）用该病原体作为病因能较好的解释大部分病例的临床表现及该事件的流行病学特点。
判断疾病与病因的因果联系的准则包括：暴露与疾病关联的时间顺序、关联的强度、剂量－反应关系、关联的可重复性、关联的“特异性”、关联的可解释性、暴露和疾病分布的一致性，终止暴露后的效应等。
5.3.3.2 确定病因时应注意的问题
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