3、恶性肿瘤的防治研究
开展常见恶性肿瘤高发现场、高危人群分子流行病、宏观流行病学的预测和对策研究；恶性肿瘤三级预防措施研究；常见恶性肿瘤早期、特异、敏感、定位诊断方法研究；肝癌、肺癌、消化道肿瘤、乳腺癌、白血病等恶性肿瘤的临床综合治疗、规范化应用和示范研究；常见恶性肿瘤的生物治疗、细胞治疗、免疫治疗和基因治疗研究。
4、常见病、多发病、疑难病的治疗模式、规范、标准和康复方案研究
常见病、多发病、疑难病的治疗模式、规范、标准和康复方案大规模的、多中心的评估验证研究；常见病、多发病、疑难病治疗优化方案研究；常见病、多发病、疑难病诊治新方法、新技术研究。
5、高新技术应用研究
基因治疗和其他生物治疗技术、干细胞治疗技术、组织工程技术、器官移植技术、介入治疗技术、无创和微创外科技术、现代影像技术、核医学和物理医学诊疗技术等在重大疾病诊治中的应用研究；高新技术的评价方法和评价技术的研究。
6、创伤的治疗与修复研究
针对创伤流行病学、创伤急救、创伤修复等方面的研究，特别是创伤与修复的应用基础研究，积极解决创伤医学难题。针对各类意外伤害，研究适合在城乡基层医疗服务机构实施和推广的适宜技术。在努力减少伤害发生的同时加强治疗技术和康复技术研究。
7、生殖健康研究
无创、高效的出生缺陷和生殖系统疾病的早期人群筛查、检测及早期诊断、治疗新技术、新方法的研究；引起孕产妇和婴儿死亡的重大疾病影响因素综合预防、干预、监测和评价技术研究；妇女生殖系统恶性肿瘤早期预警和干预措施研究；妇女儿童生理、心理及社会因素对健康影响研究。
8、城乡卫生服务体系研究
城市社区卫生服务机构绩效评价和服务质量综合考核体系研究；城市社区卫生服务与医疗保险制度衔接机制的研究；城市社区卫生服务的社区首诊与双向转诊模式研究；城市和农村医疗卫生服务运行机制、补偿模式和财政投入绩效的研究。
