六、建立严格的基金管理机制
合作医疗基金实行县级统筹，以县（市、区）为单位实行专户存储，统一管理，封闭运行。各县（市、区）建立严格的管理机制，确保基金安全。认真落实和执行农村合作医疗基金财务管理制度和会计制度，健全检查监督制度，严格查处虚报、挪用、截留、套取、贪污合作医疗资金以及造假凭证、做假帐等行为。对上级下达的扶持资金必须在10日内划入基金专户，逾期不划入专户视为挪用。市级合作医疗主管部门每年对县级基金使用情况进行一次检查。县级农村合作医疗基金每年审计一次。县级设立农村合作医疗监督委员会，负责对合作医疗基金管理使用的监督检查。合作医疗基金管理实行责任追究制。
七、落实农村合作医疗政务公开工作
县（市、区）、乡镇、村对农民的合作医疗补偿及医疗救助情况每月公布一次。公布地点为县级定点医疗机构、乡镇政府和卫生院、村委会和卫生站，县（市、区）还必须在县公众网或卫生网上公布。公布内容包括受补偿人的姓名、住址、补偿金额和时间。资金收支、使用情况每季度公布一次。
八、加强对定点医疗机构的监督管理
落实定点医疗机构管理制度，加强对定点医疗机构监管，建立有效的费用控制机制。建立定点医疗机构准入制度，由主管部门与定点医疗机构签订服务协议，加强对定点医疗机构的管理，定期进行检查。定点医疗机构执行合作医疗基本药物目录、诊疗目录和收费价格标准，降低医疗成本，纠正滥检查、滥用药、滥收费等不正当医疗行为。
九、完善新型农村合作医疗救助制度
继续完善县级农村合作医疗保障救助制度，帮助农村低保户、五保户、残疾人和贫困人口参加合作医疗。对合作医疗补偿之后仍有较大困难的人群实施医疗救助。《医疗救助实施办法》由各县（市、区）自行制定，将合作医疗制度与医疗救助制度相衔接。
十、建立稳定的管理经办机构和队伍
健全合作医疗管理机构，根据实际工作需要，落实人员编制和工作经费。卫生行政部门是农村合作医疗行政主管部门。县级设立农村合作医疗管理中心，配专职人员5-10人，承担具体经办业务工作。乡镇配农村合作医疗管理人员1-2人。合作医疗工作经费由本级财政按参合人数人均不低于1元的标准予以安排。
