二、总分机构纳税人认定。新税法规定以法人作为所得税纳税人，各级主管税务机关应抓紧对所辖区内具总机构性质的纳税人和原按旧税法规定作为独立纳税人的非法人分支机构（下同）进行清理认定，总分机构纳税人的清理认定工作要求在3月31日前全部完成。
前一时期，各级地税机关已按省局要求对总分机构纳税人进行了初步的排查，这次清理认定工作要在前期排查的基础上更加认真细致，具体如下：
1、总机构纳税人分别按照分支机构跨省市（含厦门，下同）设立、省内跨市、县（区）设立、既有跨省市设立也有省内跨市、县（区）设立等三种情况进行清理认定；
2、非法人分支机构分别按照与其总机构跨省设立、省内跨市、县（区）设立等两种情况进行清理认定。
新版企业所得税申报模块启用后，总分机构纳税人的清理认定信息要及时在“税务登记（三层）-税种登记-税种申报信息”中的企业所得税项进行总分机构信息维护。
3、由于总局关于跨省总分机构汇总缴纳企业所得税管理办法尚未正式下发，省局也暂未进一步研究制定省内跨市、县（区）总分机构汇总缴纳管理办法。在跨省、省内跨市、县（区）总分机构纳税人管理办法正式出台前，清理认定的总分机构纳税人预缴期限暂确定为按季预缴。
三、规范申报及数据采集。在旧企业所得税申报模块中，部分税务机关未能严格依照申报相关规定规范完整地采集申报数据，仅在通用地方税费申报模块中简略地采集收入总额、应纳税款等部分申报数据，影响了企业所得税的信息化管理工作的基础。新版企业所得税申报模块启用后，申报表数据录入、采集具体要求如下：
1、申报表数据必须完整录入，通用地方税费申报模块不再允许申报企业所得税。2008年度以后的企业所得税预缴申报使用08版企业所得税月（季）预缴纳税申报模块，申报以前年度企业所得税应使用07版企业所得税年度申报、月（季）预缴、核定纳税申报模块；
2、新版企业所得税申报模块启用后，A、B两类预缴申报表申报各行次的累计列均由系统自动计算，为防止因纳税人计算差错等原因出现纸质申报数据与征管系统数据不符，申报大厅工作人员应切实加强工作责任感，对有关申报数据必须认真加以核对。凡纸质申报数据与征管系统数据不符的，应即时退纳税人重新计算填报。今后，因申报大厅工作人员未正确履行工作职责致税企申报法律纠纷的，将严肃追究有关人员责任；
