医疗机构除依法及时进行传染病网络直报外，对住院的手足口病患儿要实行报告制度。每日下午4时前，将住院病人的相关情况通过登陆北京市卫生信息网专题栏目“北京市卫生局医政管理系统”（用户名、密码和机构代码均为本单位的组织机构代码），在待办工作列表中选择“手足口病住院留观患者信息报告”栏目进行填写。
社区卫生服务机构要对辖区内的每一例手足口病例进行传染病跟踪访视。根据情况对密切接触的儿童及家长进行居家隔离和医学观察，建立居家医学观察病例档案、发放手足口病居家医学观察及护理指南，督导防控措施的落实。
各区县托幼机构、小学等要严格晨午检制度。发现可疑手足口病患儿，应及时送诊并追踪患儿病情信息，向当地疾控机构报告，对患儿的食具、用具、玩具、公共用品进行消毒，防止疫情扩散。按照卫生部的意见，托幼机构一周内发生20例手足口病病例或2例以上重症病例时，要关闭2周。
四、培训防治队伍，强化分类指导
根据卫生部制定的《手足口病预防控制指南（2008年版）》和《医疗机构手足口病诊疗技术指南（试行）》，市卫生局将组织进行二级以上医院的市级师资培训，并对全市二级以上医院领导和相关管理人员开展传染病防控知识强化培训并考试，考试成绩纳入医院管理年度考核。
各区县卫生局负责组织辖区内社区卫生人员的培训工作，并建立考核评估制度，通过培训和考核，提高医务人员手足口病、人禽流感预防、诊断、鉴别诊断、治疗水平和病例报告、医院感染控制及个人防护的能力。全市设有儿科的医疗机构要对儿科医护人员进行全员培训，尽早发现重症病例，提高救治成功率。上述培训工作要在4月中旬前完成。
市卫生局与市教委将于4月份对全市各小学、托幼机构负责人和保健教师进行手足口病基础知识、日常消毒措施、晨午检内容、报告方式及报告人等内容的集中培训。
市疾病预防控制中心要在4月上旬前完成各区县流行病学人员和实验室检测人员手足口病的防治知识和实验室检测技术的培训。各区县疾病预防控制中心要在4月中旬前完成地段保健科、社区、幼托机构和学校相关工作人员的业务培训。
五、提高诊治能力，严防院内感染
全市各级各类医疗机构要严格执行《传染病防治法》，按照卫生部《手足口病预防控制指南（2008年版）》和《医疗机构手足口病诊疗技术指南（试行）》的规定，严格执行首诊负责制和手足口病患儿的预检分诊制度，二级以上（含二级）综合医院要安排具有副主任医师以上职称的医师担任预检筛查的主检医师，做好手足口病患儿的登记、筛查和报告工作。对手足口病等传染病患儿（者）认真询问流行病学史，病历记录要规范、完整、实事求是，不得隐瞒、遗漏重要阳性和阴性体征，妥善保管病历资料。
各区县卫生局、各二级以上综合医院要按照《
卫生部关于二级以上综合医院感染性疾病科建设的通知》、《二级以上综合医院感染性疾病科工作制度和工作人员职责》及《感染性疾病病人就诊流程》等文件的要求，切实加强感染性疾病科建设，在建筑布局、工作流程、人力资源、信息报告以及院内感染控制等诸多环节保证感染性疾病科的有效运转。对工作不力的医疗机构，要追究其主要领导的责任。
