一、入河排污口水质考核
每个入河排污口按百分制进行考核。凡入河排污口COD浓度均值达到政府要求的目标值的，得90分；超过目标值1倍的不得分。COD浓度均值高于目标值，每10mg/L范围内为一刻度，COD浓度均值低于目标值，每5mg/L范围内为一刻度。在政府要求目标值基础上，入河排污口COD浓度均值每提高一个刻度范围，考核成绩减10分，每降低一个刻度范围，考核成绩加10分。
所有减分到零为止，所有加分上不封顶。各县（市）入河排污口综合考核成绩取各排污口考核得分平均值。
二、两河主要断面水质考核
两河主要断面水质按百分制进行考核。各县（市）出境断面分别按剔除上游因素后的数据对COD和NH3-N浓度按百分制进行考核。COD和NH3-N浓度考核成绩按7：3的权重计入断面考核得分。
（一）对COD浓度的考核
1.凡出境断面COD浓度均值达到40mg/L的，得90分；超过100mg/L的不得分。COD浓度均值高于40mg/L，每10mg/L范围内为一刻度，COD浓度均值低于40mg/L，每5mg/L范围内为一刻度。在40mg/L的基础上，断面COD浓度均值每提高一个刻度范围，考核成绩减10分，每降低一个刻度范围，考核成绩加10分。
2.在规定的时间范围内的例行监测中，凡断面水质COD浓度高于100mg/L的次数超过1次以上的，每增加1次，该项考核成绩减10分。
3.断面COD浓度均值与上年度COD浓度均值相比，水质改善程度每下降10个百分点范围，考核成绩加1分；每上升10个百分点范围，考核成绩减2分。
所有减分到零为止，所有加分上不封顶。
（二）对NH3-N浓度的考核
1.凡出境断面NH3-N浓度均值达到2mg/L的，得90分；超过15mg/L的不得分。NH3-N浓度均值高于2mg/L，每0.2mg/L范围内为一刻度，NH3-N浓度均值低于2mg/L，每0.1mg/L范围内为一刻度。在2mg/L的基础上，断面NH3-N浓度均值每提高一个刻度范围，考核成绩减10分，每降低一个刻度范围，考核成绩加10分。在规定的时间范围内的例行监测中，凡断面水质NH3-N浓度超过15mg/L的次数超过1次的，每增加1次，该项考核成绩减10分。2.断面NH3-N浓度均值与上年度NH3-N浓度均值相比，水质改善程度每下降10个百分点范围，考核成绩加1分；每上升10个百分点范围，考核成绩减2分。
所有减分到零为止，所有加分上不封顶。
三、两河流域城市污水处理厂达标排放率考核
