经办机构的人员经费、银行手续费等工作经费不得在基金中列支。
第二十条 经办机构可在财政部门、卫生行政部门认定的国有或国有控股商业银行设立基金支出户（以下简称支出户），但一个统筹地区至多开设一个支出户。全部补偿支出实行财政专户与医疗机构直接结算的地区，可不设支出户。
支出户的主要用途是：接收财政专户拨入的基金；支付基金支出款项；暂存该账户的利息收入；划拨该账户资金利息收入到财政专户。支出户除接收财政专户拨付的基金和该账户的利息收入外，不得发生其他收入业务。
域外就医未实行财政专户与医疗机构直接结算的地区，经办机构可设立支出户。支出户除向参合农民支付域外就医补偿费用和向财政专户划拨该账户资金利息外，不得发生其他支出业务。经办机构向参合农民支付域外医疗补偿费用时，应开具银行支付凭证，由参合农民到支出户银行支取现金。经办机构不得直接支付现金。随着国库集中支付和一卡通的实行，应逐步取消基金支出户。
第二十一条 经办机构应根据财政部门核批的基金年度预算及分月支出计划，按月填写财政部门统一印制的用款申请书，并加盖本单位用款专用章后，在规定的时间内报送同级财政部门。财政部门对用款申请审核无误后，应在规定的时间内由财政专户与定点医疗机构直接结算，并将参合农民域外医疗补偿资金从财政专户拨入支出户。对不符合规定的凭证和不符合用款手续的，财政部门有权责成经办机构予以纠正。
第二十二条 经办机构要加强对定点医疗机构医药费用的监管，及时结算定点医疗机构垫付的医药费用。探索通过采取单病种付费、费用总额预付、预付制与后付制相结合等措施，控制医药费用支出，提高基金使用效益。
第五章 基金结余
第二十三条 基金结余是指基金收支相抵后的期末余额，包括统筹基金结余（含风险基金）、门诊家庭账户基金结余。
实行大病统筹加门诊家庭账户的统筹地区，基金结余包括统筹基金结余和门诊家庭账户基金结余；实行大病统筹或住院统筹加门诊统筹的统筹地区，基金结余全部为统筹基金结余。
第二十四条 基金管理应遵循以收定支、收支平衡、略有结余的原则。
