(三)对水资源的影响
由于年内、年际分配极为不均，云南省水资源供需矛盾较为突出。全省湿季半年(5月-10月)径流量约占全年水量的73％-85％，而干季半年(11月-4月)径流量仅占全年水量的 15％-27％，在农业生产用水量较大的4月和5月，径流量仅占全年水量的2％-3％。更为严重的是径流量愈少的地区，呈现出年际变化愈大，丰枯变化更为剧烈的现象。
云南省水资源地区分布与用水极不协调，地区分布总趋势是：南多北少、西多东少，深谷多、平坝少。云南省绝大多数城镇、工业区和农业区聚集在面积只占国土面积6％左右的盆地区(坝区)，而70％以上的水资源却分布在边远山区。人口、工业集中的城市，如昆明、个旧、曲靖、楚雄等都位于金沙江、南盘江的二、三级支流上，水资源贫乏，供需平衡矛盾突出，城市缺水和农业旱灾不断。此外，云南岩溶分布较广，降雨径流大部分或全部下渗至地下数百米或1000米以上的深度，形成大小不一的地下暗河，远流他处，不能被当地截获使用，因而地面水十分缺乏，人畜饮水非常困难。
尽管气候变化使云南总体降水偏多，但是由于降水时间和地理位置的不均衡，局部地区水资源短缺的问题可能加重，并使得水资源开发利用的障碍更加明显。
(四)对生物多样性的影响
在气候变暖，特别是冬季变暖幅度更大的情况下，滇西北地区的冰川后退加剧，冬季山区积雪线，向高海拔区域退缩，会对喜温植物的向上(更高海拔)扩展提供有利条件，植物生长范围的变化同时会影响整个生态系统的变化(如直接以植物为食的动物随植物生长范围变化而变化活动范围)。
云南是亚洲大陆重要的候鸟迁徙通道和候鸟越冬地，在气候变暖的情况下，对候鸟迁徙至云南 (秋季)和候鸟返回繁殖地(春季)的到达和离开时间会有明显影响。
四、云南省应对气候变化面临的挑战
(一)发展非烟工业面临的挑战
伴随着非烟工业的发展，云南省单位国民生产总值的能源消费量由2000年的每万元1．40吨标煤增加到2005年的每万元1．73吨标煤。2010年，云南省非烟工业在工业增加值中的比重要提高到65％。能源、冶金、化工、建材、造纸等非烟工业都是高能耗的产业。应对气候变化，高能耗的非烟工业面临十分严峻的挑战。
(二)农业生产面临的挑战
气候变化将使气温升高、降水增多，降水的时空分布更不均匀，从而使特色农业面临明显的挑战。此外，冬暖趋势为许多种类病虫害的安全越冬提供了良好的便利条件。20世纪90年代以来，云南相当部分病虫害的发生面积有明显增大趋势，部分地区出现严重病虫害的频率在加大。这也将对于农业生产潜力和农业布局产生一定的挑战。云南作为全国烤烟生产大省，种植烟草的自然条件得天独厚。气候变化引起的气温变化和降水变化将对烤烟生产带来不利影响。
