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2.非税收入应缴未缴自治区财政。天山西部林业局、阿尔泰山林业局等6个单位非税收入应缴未缴自治区财政5，911万元，其中，由于体制关系未能理顺，天山西部林业局、阿尔泰山林业局应缴未缴自治区林业厅以前年度的育林基金5，384万元。
3.挤占、挪用专项资金。自治区民委等6个部门、单位未严格执行部门预算，改变专项资金用途7，228万元。其中用于修建办公楼、住宅楼等3，510万元；出借给其他单位或用于日常经费开支等3，718万元。自治区民委2006年3月-2008年1月，挤占、挪用国家民委及宗教局下拨的培训费、民族工作业务经费、解经费等2，143万元，用于购置办公楼。
4.违规使用票据、乱收费、公款私存、私设账外账和现金收入不入账。自治区农科院、质量技术监督局违纪资金额为335万元。主要有自治区农科院违规使用自购票据收取房屋出租费46.88万元；农科院下属幼儿园私设账外账31.01万元，公款私存4.02万元；质量技术监督局下属纤维检验局违规收取管理费53.05万元，40%发放节假日补助。
5.未按规定进行政府采购。主要有自治区公路局阿图什公路总段等11个单位，未进行政府采购的购置设备资金额达663万元，其中该公路总段购置养护设备、车辆121万元。
6.部分行政事业单位纳税意识不强，应缴未缴税金。主要有自治区统计局、民语委等10个单位应缴未缴税金255万元。
7.执行部门预算不够严肃，部分项目资金使用效益较低。2006年，自治区财政厅安排自治区公安厅用于刑事侦察DNA数据库等5个项目建设资金1，651万元，要求2006年竣工。截至2008年6月，已使用项目资金的64%。但2个项目还没有开工，3个项目没有完工。自治区公安厅统一管理的高等级公路支队站点项目建设资金785万元，工程尚未开工，已使用到位资金7%。
8.会计核算不实。自治区科技厅所属“305”项目办公室等9个单位财务决算报表内容不实5，718万元，其中“305”项目办公室收到金川矿业等专款收入1，163万元，未按规定作为收入反映。
在部门预算执行审计中，我厅组织审计了自治区经贸委、工商局、文联等10单位管理74个学（协）会财务收支。这些学（协）会上年结余1，325万元，当年收入2，213万元，支出1，890万元，年末结余1，648万元。审计发现以下问题：
一是自治区经贸委、司法厅等部门下属部分学（协）会违规出借资金、乱发奖金补贴等，涉及金额348万元。
二是自治区卫生厅、工商局等部门下属部分学（协）会用白条、自制收据等违规凭证报销费用115万元。
三是少数学（协）会以内部收据和白条乱收费、设置账外账207万元，公款私存144万元，坐支现金80万元。
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