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1.审核、批复部门预算支出项目不够规范和严格。一是批复的各单位部门预算，有11，225万元支出项目不明确。二是有些超过30万元的维修、基建项目，没有纳入政府采购预算，金额达18，431万元。三是批复交通厅的部门预算中，养路费用于交通系统人员工资、公用经费支出等占50%；用于公路建设基金、支付公路贷款利息、危桥改造、客运站点建设等项目占34%；用于养路工程项目仅占养路费总支出的16%，不符合国家关于“养路工程费应占养路费总支出80%以上”的规定。
2.垂直管理系统非税收入征缴的监督、管理制度不完善。交通（公路）、国土、质监等自治区垂直管理系统组织的各种非税收入，一直采取基层部门征收、逐级汇缴自治区主管部门、统一上缴自治区财政的管理方式。这部分非税收入“收缴没有分离”，资金层层滞留，财政监督难以到位。2007年末，交通厅、国土资源厅等单位过渡户滞留养路费、矿产资源补偿费等非税收入43，804万元。另外，各级公安部门过渡户滞留交通规费收入2，915万元。
我厅要求自治区财政厅根据有关规定，严格审核、审批各单位编制的部门预算，提高部门预算的严肃性。针对上述问题，2008年7月，自治区财政厅在2009年自治区本级单位部门预算编制工作会上，制定了整改办法，作了详细部署，防止此类问题发生。同时，采取了措施，将欠缴的非税收入全额补缴自治区国库或财政专户。
（二）地税系统组织税收收入和税收征管审计情况。
2007年，地税系统坚持依法治税，抓好重点税源监控，提高征管质量和效率，税收收入随着经济发展稳定较快增长。审计发现以下问题：
1.部分税款没有及时征缴入库。我厅调查了乌鲁木齐市21户重点纳税企业，发现企业未及时申报纳税6，366万元。沙区地税局等基层税务机关未及时征收税款7，550万元。自治区地税局违规批准5户企业延期缴纳税款2，038万元。
2.缓征税款审批程序不规范。2007年，自治区地税局在资料不全的情况下，审批40户企业缓征税款6，693万元。
3.稽查决定执行不力。2007年，乌鲁木齐市地税局稽查局稽查认定昆仑房地产开发公司少缴企业所得税、印花税870万元。截至2008年4月，尚有770万元未征缴入库。
我厅要求地税系统完善重点税源企业的监控制度，健全税收减、免、缓申请审批程序，足额征缴应收缴的税款。自治区地税局已经制定了税收减、免、缓审批管理等多项制度，并将应缴未缴税款全额补征入库。
（三）自治区部门预算执行审计情况。
审计结果表明，各相关部门、单位进一步完善内部管理制度，加强财务管理，规范资金使用，各项工作有较大进步。但审计发现各部门单位在执行部门预算、非税收入管理、专项资金使用等方面仍存在以下问题：
1.编制部门预算时少报收入。2007年362个自治区本级单位实现其他收入62.25亿元，与各单位编制的部门预算收入计划相比差异较大，尤其是地质勘探、科研设计等事业单位。如自治区农科院2007年实际收入12，592万元，比部门预算收入计划多5，276万元，主要是编制部门预算时，没有列报事业收入3，897万元。
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