分别与联合国开发计划署、美国、日本、意大利、美国新一代基金会等联合开展了太阳能光伏电站建设、羊八井宇宙射线观测、珠峰自然保护、"四江流域"生态与环境保护、拉鲁湿地保护、西藏农业资源利用等科技合作项目，取得了良好效果。2003年西藏自治区人民政府与中国科学院签订了区院合作协议，并已经在藏医药现代化、高原特色生物资源开发、旅游信息系统研制、中长期科学和技术发展规划、新能源和可再生能源开发利用等方面开始了实质性合作。
（二）存在的问题
1．缺乏创新环境。
尽管我区科学技术得到迅速发展，但全社会对科学技术在促进经济社会发展中的重要性认识仍然不足，科技意识与理念较弱，科技政策有待进一步完善，对科技创新、技术引进、成果转化缺乏紧迫感，科技创新动力不足，尚未形成良好的科技创新社会环境。当前我区科技体制不甚合理、机制不顺、政策不健全、运转不灵的问题还较严重，制约了全区科技事业的快速发展。
2．科技人才严重匮乏。
科技队伍整体素质较低，专业人员结构分布不合理，缺乏学科带头人，承担重大研究课题的能力相对较弱，人才培养、引进的机制不健全，人才使用不合理，学非所用现象比较突出。
3．科技投入不足，科技手段落后。
虽然科技经费已有很大增加，但无论是总量还是占国民生产总值中的比值与其他各省（区）相比，都处于较低水平。科技资金投入渠道单一，主要靠政府投入，企业的科技研发投入甚微。科技手段较为落后，缺乏支持科技创新的技术平台。
4．科技资源分散，利用效率低。
条块分割现象比较突出，缺乏科技资源共享机制，科技条件平台未能有效建立起来，有限的科技资源利用效率低。
5．科技成果储备不足，低水平重复依然存在。
一些科研项目与经济社会发展联系不够紧密，低水平重复现象依然存在，具有自主知识产权、与资源优势开发密切相关的科技成果不多，科技资源指数、科技产出指数、科技贡献指数和区域科技能力均处于全国各省、市、自治区的末位。
二、指导思想与发展目标
（一）指导思想
以邓小平理论和"三个代表"重要思想为指导，全面落实科学发展观，坚持"引创并重、重点突破、夯实基础、支撑发展"的方针，立足资源优势，突出产业特色，以引进先进适用技术消化吸收再创新与集成创新为重点，兼顾高原特色领域的原始创新。以农牧业科技进步为基础，把改善农牧民生产生活条件、增加农牧民收入作为科技工作的根本出发点和落脚点，不断提高自主创新能力和科技推广能力，走出一条具有区域特色的科技发展道路，为实现我区经济社会跨越式发展提供科技支撑。
"十一五"时期，我区科技发展在继续加强引进先进适用技术的同时，加强消化、吸收基础上的再创新、集成创新和某些优势领域的原始创新，积极参与国内外重大基础性和应用基础性研究，并通过这些研究全面提升西藏的科技实力和自主创新能力；根据我区科学技术总体实力在全国处于很低的水平、需要全面提高的实际，根据经济发展的需求、资源优势与产业特色，并结合科技发展现状，以特色农牧业、特色生物资源、新能源、藏医药、优势矿产资源、生态环境保护为突破口，突出重点、突出特色，有所为、有所不为，实现重点突破、整体推进的目标；坚持近期目标与长远目标相结合，既要保证有一定数量的、短期内能够产生较大经济效益的实用型技术的引进、吸收、培育和发展，又必须着眼于长远发展、长远效益的科技项目的研究，增强科技发展的后劲；进一步深化科技体制改革，逐步形成以企业、科研单位、高校为主体的科技创新体系，加快培养短缺的高技能人才，逐步形成基础好、素质高、适用型的科技人才队伍和学科带头人；坚持科技创新与科学普及相结合，在科技创新的基础上，加强成果转化、成果推广、技术示范、科学普及等工作，提高劳动者的科技素质。
