（一）指导思想：以邓小平理论和"三个代表"重要思想为指导，以科学发展观为统领，认真贯彻落实《意见》精神，坚持 "预防为主"的方针，按照政府全面履行经济调节、市场监管、社会管理、公共服务职能的要求，以提高动物疫病防控能力、确保动物产品安全为目的，以健全和强化基层动物防疫体系、搞好队伍建设为重点，全面提升动物卫生监管执法水平和动物疫病防治公共服务能力，促进畜牧业持续健康、快速发展和农牧民增收，确保人民身体健康和财产安全。
（二）主要目标：本着"精简、统一、高效"的原则，健全机构、明确职能、理顺关系、完善法规，逐步建立起科学、统一、透明、高效的兽医管理体制和运行机制，建成符合我区实际、健全有效的兽医行政管理机构、兽医行政执法和技术支撑体系，造就一支与发展现代畜牧业相适应的兽医工作队伍，提高兽医管理机构依法行政的能力和水平，促进我区动物卫生工作全面发展，提高我区动物卫生和动物产品质量安全水平。
三、机构设置及职能
根据《意见》精神，在自治区、地（市）、县（市、区）设立三级兽医行政管理部门、动物卫生监督机构和动物疫病预防控制机构。自治区、地（市）、县（市、区）三级兽医行政管理机构仍维持分级管理体制。"十一五"期间重点完善自治区、地（市）级机构，条件成熟后逐步推进县、乡兽医体制改革。
（一）兽医行政管理机构及其职能
1． 自治区兽医行政管理机构及其职能。
成立西藏自治区兽医局，为自治区农牧厅内设的正处级机构，编制按照自治区编委会议研究确定的执行。
主要职责：贯彻和执行动物卫生的法律法规、方针政策；组织拟定兽医及兽药、兽医医疗器械行业发展规划和计划；负责提出兽医及兽药管理体系和队伍建设发展规划并组织实施；负责兽医医政和兽药药政管理工作；负责拟定全区重大动物疫病控制和扑灭计划，并组织实施；依法监督管理全区的动物疫病防治工作和动物疫情管理工作；负责组织动物及动物产品检疫检验和动物产品安全的监督管理工作；负责官方兽医和执业兽医的管理；负责兽医实验室生物安全管理；负责对下级兽医行政管理机构的监督和指导；完成自治区人民政府交办的其它工作。
设立西藏自治区兽医局后，将现在自治区农牧厅"畜牧兽医水产处"更名为"畜牧草原水产处"，正处级建制，兽医职能并入自治区兽医局，其余职能不变。
2．各地（市）、县（市、区）兽医行政管理机构及其职能。
各地（市）农牧局设立兽医科，为农牧局内设机构，相关职能划入兽医科，七地（市）农牧局增加的行政编制按照自治区编委会议研究确定的执行。
