(一)航道是社会公益设施，航道建设用地按现行政策划拨使用外，建设资金以政府投入为主，其中出境出省航道建设以部、省为主。建设中土地征用、拆迁安置等工作及所需费用由当地人民政府负责，库(湖)区航道及渡口建设以当地政府为主，省级给予适当资金补助。
(二)港口是水路运输和综合交通体系建设的重要组成部分。除港口及进出港后方通道建设由政府投资补助和积极争取交通部及有关部门的资金支持外，以港口为依托的船只停靠、货物装卸、物资储备等具有经营性质的综合服务设施，原则上由政府制定政策实行市场化运作，并在土地征用、税费征缴等方面给予优惠。
(三)“以路补水”，建立水运发展稳定的资金渠道。在积极争取国家支持的同时，实行“以路补水”和财政支持港航基础设施建设政策，省级每年从交通规费增收部分安排一定比例资金投入水运建设和发展。各州(市)、县(市、区)也要加大对港口、航道公用设施建设投入力度，同时将水上交通安全管理经费纳入当地财政预算，满足水上交通安全工作需要。
(四)放宽政策、多方扶持，支持水路运输企业加快发展。充分发挥市场的资源配置作用，进一步整合港口资源，拓展港口功能，支持企业进行联合重组，做大做强航运企业，引导航运企业健康有序发展。各级人民政府、行业管理部门要在市场准入、税费减免、土地使用等方面给予政策支持，进一步减轻航运企业负担，增强企业的市场竞争力。
五、创新机制，进一步强化行业监督管理
(一)加强制度建设，完善政策措施。按照“精简、统一、效能”原则，研究建立港航管理一体化行政管理体制，制定出台我省水运建设、发展的相关政策法规，提高水路客运和液货危险品运输经营主体的市场准入条件，逐步建立完善统一、开放、竞争有序的水路运输和水运建设市场。
(二)创新科技、规范管理，提高水运行业生产力水平。大力发展多式联运和水运市场运输信息技术，进一步拓展水运服务市场。大力推广新工艺、新材料、新技术，加强港口结构、装卸工艺、船舶标准化、节能减排、防污处理、安全救助、通航设施、信息技术、翻坝运输等方面的研究，提高信息化服务水平，增强航运支持保障系统整体功能，提高行业发展的生产力水平。
(三)贯彻落实“航电结合、以电养航”方针，稳步推进云南水运通道建设。针对水运项目公益性、公用性、基础性强的特点，研究制定切实有效的水运项目国有资产管理模式，确保国有资产收益用于水运建设，实现航运综合开发、滚动开发建设及规模化经营，促进水运事业的可持续发展。
(四)明确职责，强化水上交通安全管理。保障水上交通安全，是各级人民政府、行业管理部门、海事执法机构的重要职责。要坚持“安全第一、预防为主、综合治理”的方针，各司其职、突出重点、强化管理。各级人民政府必须按属地管理原则，切实加强水上交通安全管理工作，建立健全安全责任制。各级交通行政主管部门要加强水上交通安全的行业管理；各级海事管理部门要加强水上交通安全、防止船舶污染的监督管理；各级农业、渔政、旅游等部门和机构，也要切实履行好各自的水上安全管理职能，共同维护水上交通安全。
