总机构在年度所得税申报时，除正常报送的资料外，还应同时附送其所属分支机构所在地主管税务机关出具的《分支机构审核、备案事项确认单》，否则其相应的税前扣除项目不得在所得税前扣除。
3.总机构的主管税务机关应在每年5月31日前为其开具全国统一格式的汇总（合并）申报所得税证明，开具的对象是总机构直属或从属的所有分支机构，包括不从事经营、非盈利性质的分支机构（如办事处），直接隶属总机构的分支机构所在地的主管税务机关不得为该分支机构下属的分支机构开具证明。
4.总机构主管税务机关在对企业申报资料审核时发现其所属分支机构的疑点，需要进一步核实的，可向该企业分支机构所在地主管税务机关发出《营业机构税务事项协查函》。
分支机构所在地主管税务机关应于收到总机构所在地主管税务机关发出的《营业机构税务事项协查函》后30日内负责就协查事项进行调查核实，并将结果函复总机构所在地主管税务机关。
5.对每年6月30日前未将汇总（合并）申报所得税证明及其年度申报表和会计报表送达分支机构主管税务机关的，且又无延期申报批准文件的，由分支机构的主管税务机关负责检查核实或核定其应纳税所得额，并结合税收法律法规规定的税收待遇，计算应补税额、就地征收及实施处罚；但企业汇总申报处于亏损年度和免税年度的，应由分支机构的主管税务机关书面通知总机构的主管税务机关进行统一的税务调整。
6.对分支机构就地征收税款或调整免税期所得额或亏损额的，分支机构的主管税务机关应及时将征收税款额及应纳税所得额调整额以《营业机构税务处理联络函》通知总机构的主管税务机关，总机构的主管税务机关应对企业应纳税所得额及应纳税总额作相应调整，并在应补（退）税额中减除已在分支机构所在地缴纳的税款。
7.分支机构的主管税务机关在日常管理或税务检查中，发现分支机构有少报收入或多列成本费用等所得税的问题，应将有关情况及时向总机构的主管税务机关发出《营业机构税务处理联络函》。
五、税收执法管理信息系统
税收执法管理信息系统中“税种登记率（0103）”指标，要求办理税务登记的纳税人均需要办理税种登记，该税种登记范围为增值税、消费税、外商投资企业和外国企业所得税。该指标为累计考核指标，每月均显示执法及过错情况。税种管理由各职能处室负责日常业务指导和管理。
各单位要严格按照上述增值税、企业所得税、外商投资企业和外国企业所得税的管理要求办理（消费税比照增值税税种管理规定）。同时，各单位要按照《青岛市国家税务局税收业务档案管理办法》的规定对启用的税务文书进行保管、整理、分类、归档。此次启用的税务文书由各职能处室负责指导各单位正确填制和使用、印制、发放等事宜。为了保证总机构和分支机构税收管理工作顺利进行，市局将统一组织总分支机构管理业务骨干培训班，培训时间另行通知。
