对于安装自动监测设备的污染源以自动监测数据为依据申报化学需氧量和二氧化硫的排放量。
对于未安装自动监测设备的污染源，由排污单位提供具备资质的监测单位出具的化学需氧量和二氧化硫监测数据，以此申报化学需氧量和二氧化硫排放量。
对于无法安装自动监测设备和不具备条件监测的污染源，化学需氧量和二氧化硫的排放量按环境统计方法计算COD和SO2排放量，并向当地环境保护主管部门申报。
第五条 当地环境保护主管部门对排污单位每月申报的化学需氧量和二氧化硫排放量进行核定，并将核定结果告知排污单位。
对安装自动监测设备的排污单位，监测设备必须与环境保护主管部门直接联网，实时传输数据，环境保护主管部门据此数据进行核定。
对未安装自动监测设备或自动监测设备没有与环境保护主管部门联网的污染源，环境保护主管部门定期对其进行手工监测，其中国控、省控、市控污染源的监测频次每月不少于一次，依此数据进行核定。
第六条 国控、省控、市控重点污染源必须在2008年底前完成污染源自动监测设备的安装和验收，污染源自动监测设备的建设由排污单位和地方财政负责，验收由地方政府环境保护主管部门负责，数据监测由企业负责，日常运行由有资质的运营单位负责。国控、省控、市控重点污染源自动监测设备的监测数据必须与省、市环境保护主管部门联网，其中国控重点污染源监测数据直接传输上报国务院环境保护主管部门。
第七条 各县、区环境保护主管部门负责本辖区内的污染源监督性监测数据的质量管理工作。承担化学需氧量（COD）和二氧化硫（SO2）排放量核定的环境保护主管部门具体负责污染源监督性监测数据的质量和排放量的准确性与可靠性。
环境保护主管部门负责对污染源自动监测系统的监测设备，进行实验室比对监测和自动监测数据有效性审核。实验室比对监测与自动监测设备同步现场采样，监测频次为每季度一次。
实验室比对监测结果表明同步的自动监测的数据质量达不到规定时，则从本次实验室比对监测时间上推至上次实验室比对监测之间的时段按自动监测系统数据缺失处理。数据缺失时段的排放量按照相关技术规范的规定核算。
各地实验室比对监测结果与上级环境保护主管部门的检查、抽查监测结果不一致时，由上级环境保护主管部门确认自动监测数据的有效性。
市环境保护主管部门定期组织对污染源监督性监测的统一质量控制考核，并组织跨县、区不定期抽查工作。
