2、县级医疗机构补偿办法
| 费用分段 | 报销补偿比例 |
| 0-300元或0-400元 | 20% |
| 300元或400元以上 | 50% |
3、县以上医疗机构补偿办法
| 费用分段 | 报销补偿比例 |
| 0-500元 | 20% |
| 500元以上 | 40% |
乡镇卫生院及县级医疗机构低比例补偿起付段及补偿比例，由试点县（市、区）结合实际自行选定。
（二）继续实行大病二次补助。大病二次补助仍作为住院统筹的调节方案。各县（市、区）可结合实际自行制定补偿办法。总的原则是，经过二次补偿调节，年度内住院统筹基金支付率不得低于85%。
四、关于门诊统筹补偿办法
（一）实行门诊统筹的县（市、区），门诊统筹医药费补偿比例、封顶线由各县（市、区）结合实际确定。一律不设起付线。
（二）继续实行门诊慢病统筹。慢性病门诊补偿的病种由各县（市、区）结合实际确定，一般为10?20种；慢性病门诊补偿可适当设置起付线和封顶线，起付线原则上不得超过500元，封顶线原则上不得超过3000元。
（三）门诊只限于县、乡、村级医疗机构，县以上医疗机构门诊不予补偿。
五、关于县以上医疗机构转诊补偿办法
各县（市、区）要本着便民利民、就近就医的原则，尊重参合农民就医的自主选择权。参合农民在县（市、区）域内新型农村合作医疗定点医疗机构就诊，要做到“合作医疗证在手，县内看病随处走”。参合农民在邻近的其它县、乡定点医疗机构就诊，可以按照县内定点医疗机构同等待遇给予报销。参合农民患者转往县以上定点医疗机构就诊的，必须经所在县（市、区）新型农村合作医疗管理部门批准。未经批准自行转往县以上定点医疗机构就诊的，一律按可补偿医药费总额的20%予以报销，并不再享受大病二次补助待遇。不在定点医疗机构就诊的，一律不予报销。长期外出（国内）务工、求学、居住人员发生疾病，在省内的必须到新农合定点医疗机构就诊，如在省外则必须到当地非营利性医疗机构就诊，并于出院一个月之内将相关材料递交县合管办，费用报销按同级别医疗机构补偿比例报销。
